Standardized NEON organismal data for biodiversity research
Standardized NEON organismal data for biodiversity research
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用于生物多样性研究的标准化 NEON 生物数据
DOI：
10.1002/ecs2.4141
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发表时间：
2022
期刊：
影响因子：
2.7
通讯作者：
Jarzyna, Marta A.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Li, Daijiang;Record, Sydne;Sokol, Eric R.;Bitters, Matthew E.;Chen, Melissa Y.;Chung, Y. Anny;Helmus, Matthew R.;Jaimes, Ruvi;Jansen, Lara;Jarzyna, Marta A.
了解物种分布和丰度的模式和驱动因素，从而了解生物多样性，是生态学的核心目标。尽管近几十年来取得了进展，但对这些模式和过程的研究目前受到缺乏跨越大空间尺度和长时间的标准化，高质量，经验数据的限制。氖填补了这一空白，提供免费的观测数据，这些数据是在对分布在美国各地的81个地点内的几个哨兵分类群进行稳健和一致的生物采样过程中产生的，将收集至少30年。这些数据的广度和范围为推进生物多样性研究提供了独特的资源。然而，为了最大限度地发挥这一机会的潜力，至关重要的是，氖数据必须最大限度地可访问，并易于集成到研究者的工作流程和分析中。为了便于其用于生物多样性研究和综合，我们创建了一个工作流程，将氖生物数据处理和格式化为ecocomDP（生态群落数据设计模式）格式，该格式可通过ecocomDP R包获得;然后，我们将标准化数据作为R数据包（RSDivData）提供。我们简要地总结了抽样设计和数据争论的决定，包括在这项工作中的主要分类群体。我们的工作流程是开源的，因此生物多样性社区可以：添加额外的分类组;修改工作流程以生成适合自己分析需求的数据集;并随着更多观测结果的可用性定期更新数据包。最后，我们提供了两个简单的例子，如何标准化的数据可用于生物多样性研究。通过提供一个标准化的数据包，我们希望提高氖生物数据在推进生物多样性研究中的实用性，并鼓励使用协调的ecocomDP数据设计模式，用于其他生态观测网络的群落生态数据。
Understanding patterns and drivers of species distribution and abundance, and thus biodiversity, is a core goal of ecology. Despite advances in recent decades, research into these patterns and processes is currently limited by a lack of standardized, high‐quality, empirical data that span large spatial scales and long time periods. The NEON fills this gap by providing freely available observational data that are generated during robust and consistent organismal sampling of several sentinel taxonomic groups within 81 sites distributed across the United States and will be collected for at least 30 years. The breadth and scope of these data provide a unique resource for advancing biodiversity research. To maximize the potential of this opportunity, however, it is critical that NEON data be maximally accessible and easily integrated into investigators' workflows and analyses. To facilitate its use for biodiversity research and synthesis, we created a workflow to process and format NEON organismal data into the ecocomDP (ecological community data design pattern) format that were available through the ecocomDP R package; we then provided the standardized data as an R data package (neonDivData). We briefly summarize sampling designs and data wrangling decisions for the major taxonomic groups included in this effort. Our workflows are open‐source so the biodiversity community may: add additional taxonomic groups; modify the workflow to produce datasets appropriate for their own analytical needs; and regularly update the data packages as more observations become available. Finally, we provide two simple examples of how the standardized data may be used for biodiversity research. By providing a standardized data package, we hope to enhance the utility of NEON organismal data in advancing biodiversity research and encourage the use of the harmonized ecocomDP data design pattern for community ecology data from other ecological observatory networks.
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DOI：
10.1029/2020ef001631
发表时间：
2020-12
期刊：
Earth's Future
影响因子：
--
作者：
通讯作者：
--
统计上严格的抽样设计，将鸟类保护区内的鸟类监测和管理结合起来
影响因子：
3.7
作者：
David C. Pavlacky;P. Lukacs;J. Blakesley;Robert C. Skorkowsky;David S. Klute;Beth A. Hahn;Victoria J. Dreitz;T. L. George;David J. Hanni
通讯作者：
David J. Hanni
DOI：
10.1650/condor-17-83.1
发表时间：
2017-07
期刊：
The Condor
影响因子：
--
作者：
John R. Sauer;K. Pardieck;David J Ziolkowski;Adam C. Smith;Marie-Anne R. Hudson;V. Rodriguez;H. Berlanga;D. Niven;W. Link
通讯作者：
John R. Sauer;K. Pardieck;David J Ziolkowski;Adam C. Smith;Marie-Anne R. Hudson;V. Rodriguez;H. Berlanga;D. Niven;W. Link
影响因子：
10.1
作者：
Farley, Scott S.;Dawson, Andria;Williams, John W.
通讯作者：
Williams, John W.
DOI：
10.3389/fevo.2020.612794
发表时间：
2021-01
期刊：
--
影响因子：
--
作者：
S. Record;Nicole M. Voelker;P. Zarnetske;Nathan I. Wisnoski;J. Tonkin;C. Swan;L. Marazzi;Nina K. Lany-Nina
通讯作者：
S. Record;Nicole M. Voelker;P. Zarnetske;Nathan I. Wisnoski;J. Tonkin;C. Swan;L. Marazzi;Nina K. Lany-Nina