DIANA-TarBase v8: a decade-long collection of experimentally supported miRNA-gene interactions.
DIANA-TarBase v8: a decade-long collection of experimentally supported miRNA-gene interactions.
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DOI：
10.1093/nar/gkx1141
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发表时间：
2018-01-04
影响因子：
14.9
通讯作者：
Hatzigeorgiou AG
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Karagkouni D;Paraskevopoulou MD;Chatzopoulos S;Vlachos IS;Tastsoglou S;Kanellos I;Papadimitriou D;Kavakiotis I;Maniou S;Skoufos G;Vergoulis T;Dalamagas T;Hatzigeorgiou AG
DIANA-TarBase v8（http：//www.microrna.gr/tarbase）是一个参考数据库，专门用于索引实验支持的microRNA（miRNA）靶标。它的第八个版本是第一个索引超过100万个条目的数据库，对应于167万个独特的miRNA-靶对。这些相互作用得到了超过33种实验方法的支持，在超过451种实验条件下应用于超过600种细胞类型/组织。它整合了关于细胞类型特异性miRNA基因调控的信息，同时报道了数十万个miRNA结合位置。TarBase正在成熟，在非编码RNA领域有十多年的持续支持。已经实现了一个新的模块，可以通过不同的过滤组合浏览交互。它允许按物种、方法学、细胞类型和组织容易地检索阳性和阴性miRNA靶标。一个合并的排名系统被用于显示的基础上，他们的支持方法的鲁棒性的相互作用。通过一个专门的结果页面可以获得描述数据库内容的统计数据、饼图和交互式条形图。一个直观的界面，提供了一个用户友好的应用程序，灵活的选项，以不同的查询。
DIANA-TarBase v8 (http://www.microrna.gr/tarbase) is a reference database devoted to the indexing of experimentally supported microRNA (miRNA) targets. Its eighth version is the first database indexing >1 million entries, corresponding to ∼670 000 unique miRNA-target pairs. The interactions are supported by >33 experimental methodologies, applied to ∼600 cell types/tissues under ∼451 experimental conditions. It integrates information on cell-type specific miRNA–gene regulation, while hundreds of thousands of miRNA-binding locations are reported. TarBase is coming of age, with more than a decade of continuous support in the non-coding RNA field. A new module has been implemented that enables the browsing of interactions through different filtering combinations. It permits easy retrieval of positive and negative miRNA targets per species, methodology, cell type and tissue. An incorporated ranking system is utilized for the display of interactions based on the robustness of their supporting methodologies. Statistics, pie-charts and interactive bar-plots depicting the database content are available through a dedicated result page. An intuitive interface is introduced, providing a user-friendly application with flexible options to different queries.
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影响因子：
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作者：
Huber W;Carey VJ;Gentleman R;Anders S;Carlson M;Carvalho BS;Bravo HC;Davis S;Gatto L;Girke T;Gottardo R;Hahne F;Hansen KD;Irizarry RA;Lawrence M;Love MI;MacDonald J;Obenchain V;Oleś AK;Pagès H;Reyes A;Shannon P;Smyth GK;Tenenbaum D;Waldron L;Morgan M
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Morgan M
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Goodall GJ
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