Characterization of transposable elements in the ectomycorrhizal fungus Laccaria bicolor.
Characterization of transposable elements in the ectomycorrhizal fungus Laccaria bicolor.
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DOI：
10.1371/journal.pone.0040197
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发表时间：
2012
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Martin F
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Labbé J;Murat C;Morin E;Tuskan GA;Le Tacon F;Martin F
公开提供的双色蜡蚧基因组序列提供了相当大的基因组资源，允许系统识别转座因子（TE）在这种共生外生菌根真菌。使用TE特定的注释管道，我们已经表征和分析了L中的TE。双色S238 N-H82基因组。TE占60 Mb L的24%。双色基因组，代表25,787全长和部分拷贝元件分布在171个家庭。最丰富的元素是Copia类。TE不是随机分布在基因组中，而是紧密嵌套或聚集。除了末端反向重复序列（TIRS）、长末端重复序列（LTRs）和大逆转录转座子衍生物（LARD）元件的完整拷贝外，大多数TE都表现出古老转座的迹象。L.的TE扩张主要有三个时期。双色：第一个从57到10百万年，第二个从5到1百万年，最近的从0.5百万年前到现在。LTR反转录转座子与在另一种担子菌中发现的反转录转座子密切相关，灰盖鬼伞。该分析1）代表了L中TE的初步表征。bicolor基因组，2）有助于改善基因组注释和更好地理解TE在基因组组织和进化中的作用，3）为未来研究Laccaria属内的基因组进化提供了宝贵的资源。
The publicly available Laccaria bicolor genome sequence has provided a considerable genomic resource allowing systematic identification of transposable elements (TEs) in this symbiotic ectomycorrhizal fungus. Using a TE-specific annotation pipeline we have characterized and analyzed TEs in the L. bicolor S238N-H82 genome. TEs occupy 24% of the 60 Mb L. bicolor genome and represent 25,787 full-length and partial copy elements distributed within 171 families. The most abundant elements were the Copia-like. TEs are not randomly distributed across the genome, but are tightly nested or clustered. The majority of TEs exhibits signs of ancient transposition except some intact copies of terminal inverted repeats (TIRS), long terminal repeats (LTRs) and a large retrotransposon derivative (LARD) element. There were three main periods of TE expansion in L. bicolor: the first from 57 to 10 Mya, the second from 5 to 1 Mya and the most recent from 0.5 Mya ago until now. LTR retrotransposons are closely related to retrotransposons found in another basidiomycete, Coprinopsis cinerea. This analysis 1) represents an initial characterization of TEs in the L. bicolor genome, 2) contributes to improve genome annotation and a greater understanding of the role TEs played in genome organization and evolution and 3) provides a valuable resource for future research on the genome evolution within the Laccaria genus.
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