Protocol: a simple method for extracting next-generation sequencing quality genomic DNA from recalcitrant plant species.
Protocol: a simple method for extracting next-generation sequencing quality genomic DNA from recalcitrant plant species.
复制标题
DOI：
10.1186/1746-4811-10-21
复制
发表时间：
2014
期刊：
影响因子：
5.1
通讯作者：
Henry RJ
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Healey A;Furtado A;Cooper T;Henry RJ
下一代测序技术依赖于高质量的DNA，这种DNA适合于文库制备和测序。一些植物在它们的叶组织中储存了大量的酚类和多糖，这使得基因组DNA的提取变得困难。虽然存在许多与酚类和多糖存在竞争的DNA提取方法，但这些方法依赖于长时间孵育、多次沉淀或商业试剂盒来生产高分子量和无污染的DNA。在这项协议中，我们描述了对已建立的基于CTAB的提取方法的简单修改，该方法允许从难以分离的植物Corymbia(桉树)和Coffea(咖啡)中可靠地分离高分子量基因组DNA。简化的方法不需要多次清理步骤或基于商业试剂盒，分离的DNA在Illumina HiSeq和TruSeq测序平台上通过了严格的全基因组测序质量控制标准。
Next-generation sequencing technologies rely on high quality DNA that is suitable for library preparation followed by sequencing. Some plant species store large amounts of phenolics and polysaccharides within their leaf tissue making genomic DNA extraction difficult. While many DNA extraction methods exist that contend with the presence of phenolics and polysaccharides, these methods rely on long incubations, multiple precipitations or commercially available kits to produce high molecular weight and contaminant-free DNA. In this protocol, we describe simple modifications to the established CTAB- based extraction method that allows for reliable isolation of high molecular weight genomic DNA from difficult to isolate plant species Corymbia (a eucalypt) and Coffea (coffee). The simplified protocol does not require multiple clean up steps or commercial based kits, and the isolated DNA passed stringent quality control standards for whole genome sequencing on Illumina HiSeq and TruSeq sequencing platforms.
登录
查看更多内容
DOI：
10.5402/2012/205049
发表时间：
2012
期刊：
ISRN molecular biology
影响因子：
--
作者：
Sahu SK;Thangaraj M;Kathiresan K
通讯作者：
Kathiresan K
影响因子：
14.9
作者：
Kim, CS;Lee, CH;Hyung, NI
通讯作者：
Hyung, NI
DOI：
10.1007/978-1-62703-715-0_1
发表时间：
2014-01-01
期刊：
CEREAL GENOMICS: METHODS AND PROTOCOLS
影响因子：
--
作者：
Furtado, Agnelo
通讯作者：
Furtado, Agnelo
影响因子：
2.1
作者：
Porebski, S;Bailey, LG;Baum, BR
通讯作者：
Baum, BR
影响因子：
2.1
作者：
Tibbits, Josquin F. G.;McManus, Luke J.;Bossinger, Gerd
通讯作者：
Bossinger, Gerd