Super-resolution chromatin tracing reveals domains and cooperative interactions in single cells.
Super-resolution chromatin tracing reveals domains and cooperative interactions in single cells.
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DOI：
10.1126/science.aau1783
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发表时间：
2018-10-26
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Zhuang X
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Bintu B;Mateo LJ;Su JH;Sinnott-Armstrong NA;Parker M;Kinrot S;Yamaya K;Boettiger AN;Zhuang X
染色质的空间组织是调控基因组功能的关键。我们报告了一种以千碱基和纳米级分辨率追踪染色质组织的成像方法，揭示了数千个单个细胞中拓扑相关结构域（TADs）的染色质构象。我们的成像数据显示，在单个细胞中，tad样结构具有球状构象和清晰的结构域边界。不同细胞之间的边界不同，在所有基因组位置发生的概率非为零，但优先发生在ccctc结合因子（CTCF）和内聚蛋白结合位点。值得注意的是，在种群平均水平上消除tad的内聚蛋白缺失并没有减少单个细胞的结构域结构，而是消除了优先的类tad边界位置。此外，我们观察到广泛的、合作的、多方向的染色质相互作用，这些相互作用在凝聚蛋白耗尽后仍然存在。这些结果为染色质结构域和轮毂形成的机制提供了关键的见解。
The spatial organization of chromatin is pivotal for regulating genome functions. We report an imaging method for tracing chromatin organization with kilobase- and nanometer-scale resolution, unveiling chromatin conformation across topologically associating domains (TADs) in thousands of individual cells. Our imaging data revealed TAD-like structures with globular conformation and sharp domain boundaries in single cells. The boundaries varied from cell to cell, occurring with non-zero probabilities at all genomic positions, but preferentially at CCCTC-binding factor (CTCF)- and cohesin-binding sites. Notably, cohesin depletion, which abolished TADs at the population-average level, did not diminish domain structures in single cells, but eliminated preferential TAD-like boundary positions. Moreover, we observed wide-spread, cooperative, multi-way chromatin interactions, which remained after cohesin depletion. These results provide critical insight into the mechanisms underlying chromatin domain and hub formation.
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影响因子：
64.5
作者：
Dekker J;Mirny L
通讯作者：
Mirny L
影响因子：
64.5
作者：
Haarhuis JHI;van der Weide RH;Blomen VA;Yáñez-Cuna JO;Amendola M;van Ruiten MS;Krijger PHL;Teunissen H;Medema RH;van Steensel B;Brummelkamp TR;de Wit E;Rowland BD
通讯作者：
Rowland BD
影响因子：
30.8
作者：
Allahyar, Amin;Vermeulen, Carlo;de Laat, Wouter
通讯作者：
de Laat, Wouter
影响因子：
16
作者：
Hou, Chunhui;Li, Li;Qin, Zhaohui S.;Corces, Victor G.
通讯作者：
Corces, Victor G.
DOI：
10.1126/science.1236083
发表时间：
2013-11-22
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Naumova N;Imakaev M;Fudenberg G;Zhan Y;Lajoie BR;Mirny LA;Dekker J
通讯作者：
Dekker J