Gene density, transcription, and insulators contribute to the partition of the Drosophila genome into physical domains.
Gene density, transcription, and insulators contribute to the partition of the Drosophila genome into physical domains.
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DOI：
10.1016/j.molcel.2012.08.031
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发表时间：
2012-11-09
期刊：
影响因子：
16
通讯作者：
Corces, Victor G.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Hou, Chunhui;Li, Li;Qin, Zhaohui S.;Corces, Victor G.
负责在后生动物染色体中建立物理域的机制知之甚少。在这里，我们发现，果蝇染色体中的物理域划分在活跃的转录和高基因密度的区域，富集转录因子和绝缘子蛋白的特定组合。物理结构域包含由特定蛋白质和表观遗传标记的存在所定义的不同类型的染色质，其中活性染色质优先位于边界处，而沉默染色质位于内部。结构域边界参与长程相互作用，这可能有助于细胞核中活性或沉默染色质区域的聚集。转基因的分析表明，染色质是更容易和允许转录的边界比内部域，独立的存在下，活性或沉默组蛋白修饰。这些结果表明，染色质的更高层次的物理组织可能会施加一个额外的调节水平超过经典的表观遗传标记。
The mechanisms responsible for the establishment of physical domains in metazoan chromosomes are poorly understood. Here we find that physical domains in Drosophila chromosomes are demarcated at regions of active transcription and high gene density that are enriched for transcription factors and specific combinations of insulator proteins. Physical domains contain different types of chromatin defined by the presence of specific proteins and epigenetic marks, with active chromatin preferentially located at the borders and silenced chromatin in the interior. Domain boundaries participate in long-range interactions that may contribute to the clustering of regions of active or silenced chromatin in the nucleus. Analysis of transgenes suggests that chromatin is more accessible and permissive to transcription at the borders than inside domains, independent of the presence of active or silencing histone modifications. These results suggest that the higher-order physical organization of chromatin may impose an additional level of regulation over classical epigenetic marks.
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