DAMPD: a manually curated antimicrobial peptide database.
DAMPD: a manually curated antimicrobial peptide database.
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DOI：
10.1093/nar/gkr1063
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发表时间：
2012-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Bajic VB
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Seshadri Sundararajan V;Gabere MN;Pretorius A;Adam S;Christoffels A;Lehväslaiho M;Archer JA;Bajic VB
由于对传统抗生素具有耐受性或耐药性的病原体越来越多，对抗菌肽 (AMP) 的需求不断增加。由于天然存在的 AMP 可以作为开发病原体不具有抗药性的新型抗感染剂的模板，因此包含 AMP 相关信息的资源引起了人们的极大兴趣。为此，我们开发了 Dragon 抗菌肽数据库（DAMPD，http://apps.sanbi.ac.za/dampd），其中包含 1232 个手动整理的 AMP。 DAMPD 是 ANTIMIC 数据库的更新和替代品。在 DAMPD 中，集成界面允许基于分类、物种、AMP 家族、引文、关键字以及搜索词和字段的组合（高级搜索）以简单的方式进行查询。还提供了 Blast、ClustalW、HMMER、Hydrocalulator、SignalP、AMP 预测器等许多工具以及提供有关结果的附加信息的许多其他资源，并将其集成到 DAMPD 中，以增强 AMP 的生物分析。
The demand for antimicrobial peptides (AMPs) is rising because of the increased occurrence of pathogens that are tolerant or resistant to conventional antibiotics. Since naturally occurring AMPs could serve as templates for the development of new anti-infectious agents to which pathogens are not resistant, a resource that contains relevant information on AMP is of great interest. To that extent, we developed the Dragon Antimicrobial Peptide Database (DAMPD, http://apps.sanbi.ac.za/dampd) that contains 1232 manually curated AMPs. DAMPD is an update and a replacement of the ANTIMIC database. In DAMPD an integrated interface allows in a simple fashion querying based on taxonomy, species, AMP family, citation, keywords and a combination of search terms and fields (Advanced Search). A number of tools such as Blast, ClustalW, HMMER, Hydrocalculator, SignalP, AMP predictor, as well as a number of other resources that provide additional information about the results are also provided and integrated into DAMPD to augment biological analysis of AMPs.
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