The Codon Statistics Database: A Database of Codon Usage Bias.
The Codon Statistics Database: A Database of Codon Usage Bias.
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密码子统计数据库：密码子使用偏倚数据库。
DOI：
10.1093/molbev/msac157
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发表时间：
2022-08-03
影响因子：
10.7
通讯作者：
Alvarez-Ponce, David
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Subramanian, Krishnamurthy;Payne, Bryan;Feyertag, Felix;Alvarez-Ponce, David
我们提供了密码子统计数据库，这是一个在线数据库，包含RefSeq中所有具有参考或代表性基因组的物种的密码子使用统计数据（超过15，000）。用户可以搜索任何物种并访问两组表格。一组列出了每个密码子的频率、相对同义密码子用法以及该密码子是否是首选。另一组表格列出了每个基因的GC含量、有效密码子数、密码子适应指数和最佳密码子频率。对于（1）所有核基因，（2）编码核糖体蛋白的核基因，（3）线粒体基因，和（4）叶绿体基因（如果在相关组件中可用），可以访问等效表。用户还可以搜索任何分类组（例如，“灵长类动物”），并获得一个表，比较所有物种的组。该数据库是免费访问，无需在http://codonstatsdb.unr.edu注册。
We present the Codon Statistics Database, an online database that contains codon usage statistics for all the species with reference or representative genomes in RefSeq (over 15,000). The user can search for any species and access two sets of tables. One set lists, for each codon, the frequency, the Relative Synonymous Codon Usage, and whether the codon is preferred. Another set of tables lists, for each gene, its GC content, Effective Number of Codons, Codon Adaptation Index, and frequency of optimal codons. Equivalent tables can be accessed for (1) all nuclear genes, (2) nuclear genes encoding ribosomal proteins, (3) mitochondrial genes, and (4) chloroplast genes (if available in the relevant assembly). The user can also search for any taxonomic group (e.g., “primates”) and obtain a table comparing all the species in the group. The database is free to access without registration at http://codonstatsdb.unr.edu.
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