Echinobase: an expanding resource for echinoderm genomic information.
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DOI：
10.1093/database/bax074
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发表时间：
2017-01-01
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Cameron RA
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Kudtarkar P;Cameron RA
棘海胆（strongylocentrrotus purpuratus）的第一个棘海胆基因组计划SpBase，是一个可访问的棘皮动物进化支系的多种基因组学和生物学数据的网络信息系统。海胆及其近亲是海洋生物学、发育生物学和基因调控系统等领域的实用研究模型。Echinobase是一个用户友好的网络界面，它连接了一系列生物数据，否则研究人员提取和组织这些数据将是乏味和令人沮丧的。该系统拥有强大的基因搜索引擎，基因组浏览器和其他生物信息学工具来研究基因组学和高通量数据。棘皮数据库信息系统目前提供8种棘皮动物的基因组信息：紫荆棘球绦虫、横贯棘球绦虫、脆弱棘球绦虫、杂色棘球绦虫、minitiata partichopus parvimensis、细棘球绦虫、三角棘球绦虫。本文描述了web信息系统、基因组学数据类型和Echinobase.org托管的内容。Echinobase的目标是将基因组信息与各种实验数据连接起来，加速分子生物学、发育过程、基因调控网络以及最近的工程生物系统等领域的研究。数据库地址：http://www.echinobase.org
Echinobase, a web accessible information system of diverse genomics and biological data for the echinoderm clade, grew out of SpBase, the first echinoderm genome project for sea urchin, Strongylocentrotus purpuratus. Sea urchins and their relatives are utilitarian research models in fields ranging from marine biology to developmental biology and gene regulatory systems. Echinobase is a user-friendly web interface that links an array of biological data that would otherwise have been tedious and frustrating for researchers to extract and organize. The system hosts a powerful gene search engine, genomics browser and other bioinformatics tools to investigate genomics and high throughput data. The Echinobase information system now serves genomic information for eight echinoderm species: S. purpuratus, Strongylocentrotus fransciscanus, Allocentrotus fragilis, Lytechinus variegatus, Patiria miniata, Parastichopus parvimensis and Ophiothrix spiculata, Eucidaris tribuloides. Herein lies a description of the web information system, genomics data types and content hosted by Echinobase.org. The goal of Echinobase is to connect genomic information to various experimental data and accelerate the research in field of molecular biology, developmental process, gene regulatory networks and more recently engineering biological systems0. Database URL: http://www.echinobase.org
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