Comprehensive analysis of the T-cell receptor beta chain gene in rhesus monkey by high throughput sequencing.
Comprehensive analysis of the T-cell receptor beta chain gene in rhesus monkey by high throughput sequencing.
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高通量测序综合分析恒河猴T细胞受体β链基因
DOI：
10.1038/srep10092
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发表时间：
2015-05-11
影响因子：
4.6
通讯作者：
He J
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Li Z;Liu G;Tong Y;Zhang M;Xu Y;Qin L;Wang Z;Chen X;He J
通过高通量测序分析免疫谱系增强了我们对免疫系统复杂性和人类免疫相关疾病的理解。此前，克隆和Sanger测序在恒河猴中发现了数量有限的T细胞受体(TCR)核苷酸序列，因此它们的完整免疫功能尚不清楚。本研究应用多重聚合酶链式反应和光镜高通量测序技术对恒河猴TCRβ进行了研究。我们鉴定了126万个TCRβ序列，对应于643,570个独特的β序列和270,557个独特的互补决定区3(CDR3)基因序列。精确测量CDR3的长度分布、CDR3的氨基酸分布、连接区N核苷酸的长度分布以及TCRV和TCRJ基因的使用偏好。对恒河猴免疫系统的全面描述可能有助于利用恒河猴进行人类传染病研究。
Profiling immune repertoires by high throughput sequencing enhances our understanding of immune system complexity and immune-related diseases in humans. Previously, cloning and Sanger sequencing identified limited numbers of T cell receptor (TCR) nucleotide sequences in rhesus monkeys, thus their full immune repertoire is unknown. We applied multiplex PCR and Illumina high throughput sequencing to study the TCRβ of rhesus monkeys. We identified 1.26 million TCRβ sequences corresponding to 643,570 unique TCRβ sequences and 270,557 unique complementarity-determining region 3 (CDR3) gene sequences. Precise measurements of CDR3 length distribution, CDR3 amino acid distribution, length distribution of N nucleotide of junctional region and TCRV and TCRJ gene usage preferences were performed. A comprehensive profile of rhesus monkey immune repertoire might aid human infectious disease studies using rhesus monkeys.
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影响因子：
17.1
作者：
Jiang N;He J;Weinstein JA;Penland L;Sasaki S;He XS;Dekker CL;Zheng NY;Huang M;Sullivan M;Wilson PC;Greenberg HB;Davis MM;Fisher DS;Quake SR
通讯作者：
Quake SR
影响因子：
--
作者：
Kwofie T;Miura T
通讯作者：
Miura T
影响因子：
3.2
作者：
JAEGER, EEM;BONTROP, RE;LANCHBURY, JS
通讯作者：
LANCHBURY, JS
影响因子：
17.1
作者：
Brentjens RJ;Davila ML;Riviere I;Park J;Wang X;Cowell LG;Bartido S;Stefanski J;Taylor C;Olszewska M;Borquez-Ojeda O;Qu J;Wasielewska T;He Q;Bernal Y;Rijo IV;Hedvat C;Kobos R;Curran K;Steinherz P;Jurcic J;Rosenblat T;Maslak P;Frattini M;Sadelain M
通讯作者：
Sadelain M
DOI：
10.1084/jem.150.1.86
发表时间：
1979-07-01
期刊：
The Journal of experimental medicine
影响因子：
--
作者：
Schmidt-Ullrich R;Wallach DF;Lightholder J
通讯作者：
Lightholder J