HLAreporter: a tool for HLA typing from next generation sequencing data.
HLAreporter: a tool for HLA typing from next generation sequencing data.
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DOI：
10.1186/s13073-015-0145-3
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发表时间：
2015
期刊：
影响因子：
12.3
通讯作者：
Yang W
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Huang Y;Yang J;Ying D;Zhang Y;Shotelersuk V;Hirankarn N;Sham PC;Lau YL;Yang W
人类白细胞抗原（HLA）分型的下一代测序（NGS）数据具有广泛的应用潜力。在这里，我们介绍了一种新的工具（HLA报告）的HLA分型从NGS数据的基础上读取映射使用一个全面的参考面板包含所有已知的HLA等位基因，然后从头组装的基因特异性短读段。在公开的NGS数据上进行测试时，实现了高数字分辨率的准确HLA分型，优于其他新开发的工具，如HLAminer和PHLAT。HLAreporter可从http://paed.hku.hk/genome/下载。本文的在线版本（doi：10.1186/s13073-015-0145-3）包含补充材料，可供授权用户使用。
Human leukocyte antigen (HLA) typing from next generation sequencing (NGS) data has the potential for widespread applications. Here we introduce a novel tool (HLAreporter) for HLA typing from NGS data based on read-mapping using a comprehensive reference panel containing all known HLA alleles, followed by de novo assembly of the gene-specific short reads. Accurate HLA typing at high-digit resolution was achieved when it was tested on publicly available NGS data, outperforming other newly developed tools such as HLAminer and PHLAT. HLAreporter can be downloaded from http://paed.hku.hk/genome/. The online version of this article (doi:10.1186/s13073-015-0145-3) contains supplementary material, which is available to authorized users.
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影响因子：
--
作者：
Bentley G;Higuchi R;Hoglund B;Goodridge D;Sayer D;Trachtenberg EA;Erlich HA
通讯作者：
Erlich HA
影响因子：
3.7
作者：
Major E;Rigó K;Hague T;Bérces A;Juhos S
通讯作者：
Juhos S
影响因子：
14.9
作者：
Gonzalez-Galarza FF;Christmas S;Middleton D;Jones AR
通讯作者：
Jones AR
I级基因座HLA键入的下一代测序。
影响因子：
4.4
作者：
Erlich RL;Jia X;Anderson S;Banks E;Gao X;Carrington M;Gupta N;DePristo MA;Henn MR;Lennon NJ;de Bakker PI
通讯作者：
de Bakker PI
DOI：
10.1093/bioinformatics/btp698
发表时间：
2010-03-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Li H;Durbin R
通讯作者：
Durbin R