pgRNAFinder: a web-based tool to design distance independent paired-gRNA.
pgRNAFinder: a web-based tool to design distance independent paired-gRNA.
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pgRNAFinder：一种基于网络的工具，用于设计距离无关的配对 gRNA
DOI：
10.1093/bioinformatics/btx472
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发表时间：
2017-11-15
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Dai Z
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Xiong Y;Xie X;Wang Y;Ma W;Liang P;Songyang Z;Dai Z
CRISPR/Cas系统已被证明是一种高效、准确的基因组编辑技术。存在许多工具来设计指导RNA序列并预测潜在的脱靶位点。然而，大多数关于gRNA设计的现有计算工具仅限于小缺失。为了解决这个问题，我们提出了pgRNAglycoprotein，具有易于使用的Web界面，使研究人员能够设计单个或无距离的配对gRNA序列。pgRNA搜索引擎的网络界面包含gRNA搜索和评分系统。在用户输入查询序列后，通过3'端前间隔区邻近基序（PAM）和可能的脱靶区搜索gRNA，并对缺失序列的保守性进行快速评分。过滤器可以用于识别高质量的CRISPR位点。PgRNAglycoprotein为8种脊椎动物基因组提供gRNA设计功能。此外，为了保持pgRNAclock开放，可扩展到任何生物，我们提供了本地使用的源代码包。pgRNAFinder可在http：//songyanglab.sysu.edu.cn/wangwebs/pgRNAFinder/上免费获得，源代码和用户手册可从https://github.com/xiexiaowei/pgRNAFinder获得。 补充数据可在Bioinformatics在线获得。
The CRISPR/Cas System has been shown to be an efficient and accurate genome-editing technique. There exist a number of tools to design the guide RNA sequences and predict potential off-target sites. However, most of the existing computational tools on gRNA design are restricted to small deletions. To address this issue, we present pgRNAFinder, with an easy-to-use web interface, which enables researchers to design single or distance-free paired-gRNA sequences. The web interface of pgRNAFinder contains both gRNA search and scoring system. After users input query sequences, it searches gRNA by 3' protospacer-adjacent motif (PAM), and possible off-targets, and scores the conservation of the deleted sequences rapidly. Filters can be applied to identify high-quality CRISPR sites. PgRNAFinder offers gRNA design functionality for 8 vertebrate genomes. Furthermore, to keep pgRNAFinder open, extensible to any organism, we provide the source package for local use. The pgRNAFinder is freely available at http://songyanglab.sysu.edu.cn/wangwebs/pgRNAFinder/, and the source code and user manual can be obtained from https://github.com/xiexiaowei/pgRNAFinder. Supplementary data are available at Bioinformatics online.
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DOI：
10.1126/science.aah7111
发表时间：
2017-01-06
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Liu SJ;Horlbeck MA;Cho SW;Birk HS;Malatesta M;He D;Attenello FJ;Villalta JE;Cho MY;Chen Y;Mandegar MA;Olvera MP;Gilbert LA;Conklin BR;Chang HY;Weissman JS;Lim DA
通讯作者：
Lim DA
DOI：
10.1093/bioinformatics/btv308
发表时间：
2015-09-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Hodgkins A;Farne A;Perera S;Grego T;Parry-Smith DJ;Skarnes WC;Iyer V
通讯作者：
Iyer V
sgRNAcas9：用于设计 CRISPR sgRNA 和评估潜在脱靶切割位点的软件包
影响因子：
3.7
作者：
Xie S;Shen B;Zhang C;Huang X;Zhang Y
通讯作者：
Zhang Y
影响因子：
64.5
作者：
Hsu PD;Lander ES;Zhang F
通讯作者：
Zhang F
影响因子：
56.9
作者：
Jinek, Martin;Chylinski, Krzysztof;Charpentier, Emmanuelle
通讯作者：
Charpentier, Emmanuelle