FlyBase 101--the basics of navigating FlyBase.
FlyBase 101--the basics of navigating FlyBase.
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Flybase 101-导航Flybase的基础。
DOI：
10.1093/nar/gkr1030
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发表时间：
2012-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
FlyBase Consortium
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
McQuilton P;St Pierre SE;Thurmond J;FlyBase Consortium
FlyBase(http://flybase.org))是有关果蝇和相关果蝇物种遗传和基因组信息的领先数据库和门户网站。无论您是使用果蝇作为实验系统，还是想将果蝇生物学知识应用到另一个研究领域，FlyBase都可以帮助您成功导航可用果蝇数据的财富。在这里，我们回顾FlyBase的网站，考虑到FlyBase的新手和经验较少的用户，并指出最近的发展源于modENCODE项目的全基因组数据的可用性。本文的第一部分解释了网站的组织结构，并描述了FlyBase上可用的报告页面，重点是最受欢迎的基因报告。下一节介绍FlyBase上可用的一些搜索工具，特别是我们经常使用的、最近重新设计的搜索工具QuickSearch，可以在FlyBase主页上找到。最后一节涉及基因组数据，包括最近的modENCODE(http://www.modencode.org)数据，可通过我们的基因组浏览器GBrowse获得。
FlyBase (http://flybase.org) is the leading database and web portal for genetic and genomic information on the fruit fly Drosophila melanogaster and related fly species. Whether you use the fruit fly as an experimental system or want to apply Drosophila biological knowledge to another field of study, FlyBase can help you successfully navigate the wealth of available Drosophila data. Here, we review the FlyBase web site with novice and less-experienced users of FlyBase in mind and point out recent developments stemming from the availability of genome-wide data from the modENCODE project. The first section of this paper explains the organization of the web site and describes the report pages available on FlyBase, focusing on the most popular, the Gene Report. The next section introduces some of the search tools available on FlyBase, in particular, our heavily used and recently redesigned search tool QuickSearch, found on the FlyBase homepage. The final section concerns genomic data, including recent modENCODE (http://www.modencode.org) data, available through our Genome Browser, GBrowse.
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影响因子：
64.8
作者：
Graveley BR;Brooks AN;Carlson JW;Duff MO;Landolin JM;Yang L;Artieri CG;van Baren MJ;Boley N;Booth BW;Brown JB;Cherbas L;Davis CA;Dobin A;Li R;Lin W;Malone JH;Mattiuzzo NR;Miller D;Sturgill D;Tuch BB;Zaleski C;Zhang D;Blanchette M;Dudoit S;Eads B;Green RE;Hammonds A;Jiang L;Kapranov P;Langton L;Perrimon N;Sandler JE;Wan KH;Willingham A;Zhang Y;Zou Y;Andrews J;Bickel PJ;Brenner SE;Brent MR;Cherbas P;Gingeras TR;Hoskins RA;Kaufman TC;Oliver B;Celniker SE
通讯作者：
Celniker SE
影响因子：
7
作者：
Stein, LD;Mungall, C;Lewis, S
通讯作者：
Lewis, S
影响因子：
64.8
作者：
Negre, Nicolas;Brown, Christopher D.;Ma, Lijia;Bristow, Christopher Aaron;Miller, Steven W.;Wagner, Ulrich;Kheradpour, Pouya;Eaton, Matthew L.;Loriaux, Paul;Sealfon, Rachel;Li, Zirong;Ishii, Haruhiko;Spokony, Rebecca F.;Chen, Jia;Hwang, Lindsay;Cheng, Chao;Auburn, Richard P.;Davis, Melissa B.;Domanus, Marc;Shah, Parantu K.;Morrison, Carolyn A.;Zieba, Jennifer;Suchy, Sarah;Senderowicz, Lionel;Victorsen, Alec;Bild, Nicholas A.;Grundstad, A. Jason;Hanley, David;MacAlpine, David M.;Mannervik, Mattias;Venken, Koen;Bellen, Hugo;White, Robert;Gerstein, Mark;Russell, Steven;Grossman, Robert L.;Ren, Bing;Posakony, James W.;Kellis, Manolis;White, Kevin P.
通讯作者：
White, Kevin P.
DOI：
10.1126/science.1198374
发表时间：
2010-12-24
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
modENCODE Consortium;Roy S;Ernst J;Kharchenko PV;Kheradpour P;Negre N;Eaton ML;Landolin JM;Bristow CA;Ma L;Lin MF;Washietl S;Arshinoff BI;Ay F;Meyer PE;Robine N;Washington NL;Di Stefano L;Berezikov E;Brown CD;Candeias R;Carlson JW;Carr A;Jungreis I;Marbach D;Sealfon R;Tolstorukov MY;Will S;Alekseyenko AA;Artieri C;Booth BW;Brooks AN;Dai Q;Davis CA;Duff MO;Feng X;Gorchakov AA;Gu T;Henikoff JG;Kapranov P;Li R;MacAlpine HK;Malone J;Minoda A;Nordman J;Okamura K;Perry M;Powell SK;Riddle NC;Sakai A;Samsonova A;Sandler JE;Schwartz YB;Sher N;Spokony R;Sturgill D;van Baren M;Wan KH;Yang L;Yu C;Feingold E;Good P;Guyer M;Lowdon R;Ahmad K;Andrews J;Berger B;Brenner SE;Brent MR;Cherbas L;Elgin SC;Gingeras TR;Grossman R;Hoskins RA;Kaufman TC;Kent W;Kuroda MI;Orr-Weaver T;Perrimon N;Pirrotta V;Posakony JW;Ren B;Russell S;Cherbas P;Graveley BR;Lewis S;Micklem G;Oliver B;Park PJ;Celniker SE;Henikoff S;Karpen GH;Lai EC;MacAlpine DM;Stein LD;White KP;Kellis M
通讯作者：
Kellis M
影响因子：
64.5
作者：
Filion GJ;van Bemmel JG;Braunschweig U;Talhout W;Kind J;Ward LD;Brugman W;de Castro IJ;Kerkhoven RM;Bussemaker HJ;van Steensel B
通讯作者：
van Steensel B