Genetic Mapping by Bulk Segregant Analysis in Drosophila: Experimental Design and Simulation-Based Inference.
Genetic Mapping by Bulk Segregant Analysis in Drosophila: Experimental Design and Simulation-Based Inference.
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DOI：
10.1534/genetics.116.192484
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发表时间：
2016-11
期刊：
影响因子：
3.3
通讯作者：
Pool JE
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Pool JE
识别复杂表型变异背后的基因组区域是现代生物学的一个关键挑战。许多对动植物物种进行数量性状基因座作图的方法都受到功率和基因组分辨率有限的影响。在这里，我研究了已成功应用于酵母的批量分离分析（BSA）是否可以在基因组时代用于果蝇（以及可以通过实验培育类似数量的其他生物体）的性状图谱。我通过模拟来研究各种 BSA 和基因渗入作图 (IM) 实验中数量性状基因座 (QTL) 的统计信号。 BSA 始终提供比 IM 更准确的定位信号（此外还允许对同一实验群体的多个性状进行定位）。 BSA 和 IM 的性能通过多次独立杂交、更多代的杂交、更多的育种个体和更大的基因分型工作而最大化，但受表型极端池选择的个体比例的影响较小。我还介绍了一种基于模拟的 BSA 映射推理 (SIBSAM) 的原型分析方法。该方法识别显着的 QTL 并估计其基因组置信区间和相对效应大小。重要的是，它还测试重叠峰是否应被视为两个不同的 QTL。这种方法将有助于改进果蝇和其他物种的性状图谱，可以研究数百或数千个后代（但不是数百万）。
Identifying the genomic regions that underlie complex phenotypic variation is a key challenge in modern biology. Many approaches to quantitative trait locus mapping in animal and plant species suffer from limited power and genomic resolution. Here, I investigate whether bulk segregant analysis (BSA), which has been successfully applied for yeast, may have utility in the genomic era for trait mapping in Drosophila (and other organisms that can be experimentally bred in similar numbers). I perform simulations to investigate the statistical signal of a quantitative trait locus (QTL) in a wide range of BSA and introgression mapping (IM) experiments. BSA consistently provides more accurate mapping signals than IM (in addition to allowing the mapping of multiple traits from the same experimental population). The performance of BSA and IM is maximized by having multiple independent crosses, more generations of interbreeding, larger numbers of breeding individuals, and greater genotyping effort, but is less affected by the proportion of individuals selected for phenotypic extreme pools. I also introduce a prototype analysis method for simulation-based inference for BSA mapping (SIBSAM). This method identifies significant QTL and estimates their genomic confidence intervals and relative effect sizes. Importantly, it also tests whether overlapping peaks should be considered as two distinct QTL. This approach will facilitate improved trait mapping in Drosophila and other species for which hundreds or thousands of offspring (but not millions) can be studied.
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影响因子：
3.7
作者：
Baird NA;Etter PD;Atwood TS;Currey MC;Shiver AL;Lewis ZA;Selker EU;Cresko WA;Johnson EA
通讯作者：
Johnson EA
使用批量分离分析测序和传统连锁分析鉴定出大量玉米分离群体衍生物之间的共享基因组区域。
DOI：
10.1534/g3.115.017665
发表时间：
2015-06-01
期刊：
G3 (Bethesda, Md.)
影响因子：
--
作者：
Haase NJ;Beissinger T;Hirsch CN;Vaillancourt B;Deshpande S;Barry K;Buell CR;Kaeppler SM;de Leon N
通讯作者：
de Leon N
影响因子：
3.3
作者：
Bastide H;Lange JD;Lack JB;Yassin A;Pool JE
通讯作者：
Pool JE
影响因子：
3.3
作者：
King, Elizabeth G.;Macdonald, Stuart J.;Long, Anthony D.
通讯作者：
Long, Anthony D.
影响因子：
48
作者：
Lai, Chao-Qiang;Leips, Jeff;Mackay, Trudy F. C.
通讯作者：
Mackay, Trudy F. C.