Mordred: a molecular descriptor calculator.
Mordred: a molecular descriptor calculator.
复制标题
DOI：
10.1186/s13321-018-0258-y
复制
发表时间：
2018-02-06
影响因子：
8.6
通讯作者：
Takagi T
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Moriwaki H;Tian YS;Kawashita N;Takagi T
在化学信息学中，分子描述符被广泛用于描述分子特征。已经开发了各种分子描述符计算软件程序。然而，这些程序的用户必须应对几个问题，包括软件错误、更新频率不足和软件许可限制。为了解决这些问题，我们提出了Mordred，这是一个开发的描述符计算软件应用程序，可以计算1800多个二维和三维描述符。它可以通过GitHub免费获得。Mordred可以在命令行界面中轻松安装和使用，作为web应用程序，或者作为所有主要平台（Windows， Linux和macOS）上的高灵活性Python包。性能基准测试结果表明，Mordred的速度至少是著名的PaDEL-Descriptor的两倍，并且可以计算大分子的描述符，这是其他软件无法完成的。Mordred具有性能好、使用方便、描述符数量多、许可约束宽松等优点，是一种很有前途的分子描述符计算软件，可用于化学信息学研究，如定量结构-性质关系的研究。本文的在线版本（10.1186/s13321-018-0258-y）包含补充材料，授权用户可以使用。
Molecular descriptors are widely employed to present molecular characteristics in cheminformatics. Various molecular-descriptor-calculation software programs have been developed. However, users of those programs must contend with several issues, including software bugs, insufficient update frequencies, and software licensing constraints. To address these issues, we propose Mordred, a developed descriptor-calculation software application that can calculate more than 1800 two- and three-dimensional descriptors. It is freely available via GitHub. Mordred can be easily installed and used in the command line interface, as a web application, or as a high-flexibility Python package on all major platforms (Windows, Linux, and macOS). Performance benchmark results show that Mordred is at least twice as fast as the well-known PaDEL-Descriptor and it can calculate descriptors for large molecules, which cannot be accomplished by other software. Owing to its good performance, convenience, number of descriptors, and a lax licensing constraint, Mordred is a promising choice of molecular descriptor calculation software that can be utilized for cheminformatics studies, such as those on quantitative structure–property relationships. The online version of this article (10.1186/s13321-018-0258-y) contains supplementary material, which is available to authorized users.
登录
查看更多内容
DOI：
10.1021/ci025584y
发表时间：
2003-03
期刊：
Journal of chemical information and computer sciences
影响因子：
--
作者：
Steinbeck C;Han Y;Kuhn S;Horlacher O;Luttmann E;Willighagen E
通讯作者：
Willighagen E
Rcpi：R/Bioconductor 包，用于生成蛋白质、化合物及其相互作用的各种描述符
影响因子：
5.8
作者：
Cao, Dong-Sheng;Xiao, Nan;Chen, Alex F.
通讯作者：
Chen, Alex F.
影响因子：
2.1
作者：
van der Walt, Stefan;Colbert, S. Chris;Varoquaux, Gael
通讯作者：
Varoquaux, Gael
影响因子：
8.6
作者：
O'Boyle NM;Banck M;James CA;Morley C;Vandermeersch T;Hutchison GR
通讯作者：
Hutchison GR
ChemoPy：用于计算生物学和化学信息学的免费 Python 包
影响因子：
5.8
作者：
Cao, Dong-Sheng;Xu, Qing-Song;Liang, Yi-Zeng
通讯作者：
Liang, Yi-Zeng