Evaluation of 16S rDNA-based community profiling for human microbiome research.
Evaluation of 16S rDNA-based community profiling for human microbiome research.
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DOI：
10.1371/journal.pone.0039315
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发表时间：
2012
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Jumpstart Consortium Human Microbiome Project Data Generation Working Group
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Jumpstart Consortium Human Microbiome Project Data Generation Working Group
人类微生物组项目将通过调查300人的多个身体部位并从12，000多个样本中生成数据，建立一个用于分析健康成年人微生物组的参考数据集。为了表征这些样本，参与的测序中心评估并采用了ABI 3730和454 FLX Titanium测序的16S rDNA群落分析方案。在建立协议的过程中，我们研究了每种技术的性能和错误特征，以及序列错误与16S rDNA区域用于基于分类和OTU的群落结构分析的效用的关系。用于这项工作的数据生成协议是参与中心用于为人类微生物组项目生成16S rDNA序列的协议。因此，这些结果可以为解释该项目产生的大量临床16S rDNA数据提供信息。
The Human Microbiome Project will establish a reference data set for analysis of the microbiome of healthy adults by surveying multiple body sites from 300 people and generating data from over 12,000 samples. To characterize these samples, the participating sequencing centers evaluated and adopted 16S rDNA community profiling protocols for ABI 3730 and 454 FLX Titanium sequencing. In the course of establishing protocols, we examined the performance and error characteristics of each technology, and the relationship of sequence error to the utility of 16S rDNA regions for classification- and OTU-based analysis of community structure. The data production protocols used for this work are those used by the participating centers to produce 16S rDNA sequence for the Human Microbiome Project. Thus, these results can be informative for interpreting the large body of clinical 16S rDNA data produced for this project.
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