An exogenous chloroplast genome for complex sequence manipulation in algae.
An exogenous chloroplast genome for complex sequence manipulation in algae.
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DOI：
10.1093/nar/gkr1008
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发表时间：
2012-03
影响因子：
14.9
通讯作者：
Mendez MJ
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
O'Neill BM;Mikkelson KL;Gutierrez NM;Cunningham JL;Wolff KL;Szyjka SJ;Yohn CB;Redding KE;Mendez MJ
我们展示了一种克隆和修改绿藻衣藻叶绿体基因组的系统。通过广泛使用序列稳定策略，体外基因组在酵母中由一系列重叠片段组装而成。然后，组装好的基因组被转移到细菌中进行大规模准备，并转化为莱茵梭菌细胞。该系统还允许在体内的多个基因座产生同时的、系统的和复杂的遗传修改。我们使用这个系统将编码光合作用装置核心亚单位的基因替换为来自相关藻类--斜生栅藻的同源基因。一旦转化成藻类，被替换的基因组就会与内源基因组重组，产生一个包含不同基因座修饰的杂交质体体。这里描述的基因组的体内功能表明，现在可以同时对叶绿体基因组中的多个位置进行工程。这项工作代表着朝着在叶绿体基因组的任何或所有区域创造遗传多样性的新方法迈出的第一步。
We demonstrate a system for cloning and modifying the chloroplast genome from the green alga, Chlamydomonas reinhardtii. Through extensive use of sequence stabilization strategies, the ex vivo genome is assembled in yeast from a collection of overlapping fragments. The assembled genome is then moved into bacteria for large-scale preparations and transformed into C. reinhardtii cells. This system also allows for the generation of simultaneous, systematic and complex genetic modifications at multiple loci in vivo. We use this system to substitute genes encoding core subunits of the photosynthetic apparatus with orthologs from a related alga, Scenedesmus obliquus. Once transformed into algae, the substituted genome recombines with the endogenous genome, resulting in a hybrid plastome comprising modifications in disparate loci. The in vivo function of the genomes described herein demonstrates that simultaneous engineering of multiple sites within the chloroplast genome is now possible. This work represents the first steps toward a novel approach for creating genetic diversity in any or all regions of a chloroplast genome.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btq365
发表时间：
2010-09-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Balzer S;Malde K;Lanzén A;Sharma A;Jonassen I
通讯作者：
Jonassen I
影响因子：
2.6
作者：
LARIONOV, V;KOUPRINA, N;RESNICK, MA
通讯作者：
RESNICK, MA
影响因子：
4.2
作者：
Hokanson, CA;Dora, E;Mendez, MJ
通讯作者：
Mendez, MJ
影响因子：
4.4
作者：
KOUPRINA, N;ELDAROV, M;LARIONOV, V
通讯作者：
LARIONOV, V
影响因子：
7.4
作者：
Maliga, Pal;Bock, Ralph
通讯作者：
Bock, Ralph