FDRAnalysis: a tool for the integrated analysis of tandem mass spectrometry identification results from multiple search engines.
FDRAnalysis: a tool for the integrated analysis of tandem mass spectrometry identification results from multiple search engines.
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DOI：
10.1021/pr101157s
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发表时间：
2011-04-01
影响因子：
4.4
通讯作者：
Hubbard, Simon J.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Wedge, David C.;Krishna, Ritesh;Blackhurst, Paul;Siepen, Jennifer A.;Jones, Andrew R.;Hubbard, Simon J.
通过串联质谱法可靠地鉴定肽是现代高通量蛋白质组学的基础。这激发了人们对搜索引擎结果后处理的极大兴趣，以提高置信度并计算稳健的统计指标，例如通过使用诱饵数据库来计算错误发现率 (FDR)。基于 FDR 的分析允许进行多次测试，并且可以为两组和单个肽谱匹配 (PSM) 分配单个置信值。我们最近开发了一种算法，用于组合多个搜索引擎的结果，集成由不同搜索引擎组合生成的 PSM 集的 FDR。在这里，我们描述了一个网络服务器和一个可下载的应用程序，这使得蛋白质组学社区可以定期使用它。 Web 服务器提供一系列输出，包括信息图形，以评估 PSM 的置信度和任何潜在偏差。底层管道提供了一个基本的蛋白质推断步骤，将 PSM 集成到蛋白质模糊组中，其中肽可以与多个蛋白质相匹配。重要的是，我们还实现了对蛋白质组学标准倡议最近发布的 mzIdentML 数据标准的全面支持，使用户能够将本机格式转换为可供下载的 mzIdentML 文件。
Confident identification of peptides via tandem mass spectrometry underpins modern high-throughput proteomics. This has motivated considerable recent interest in the post-processing of search engine results to increase confidence and calculate robust statistical measures, for example through the use of decoy databases to calculate false discovery rates (FDR). FDR-based analyses allow for multiple testing and can assign a single confidence value for both sets and individual peptide spectrum matches (PSMs). We recently developed an algorithm for combining the results from multiple search engines, integrating FDRs for sets of PSMs made by different search engine combinations. Here we describe a web-server, and a downloadable application, which makes this routinely available to the proteomics community. The web server offers a range of outputs including informative graphics to assess the confidence of the PSMs and any potential biases. The underlying pipeline provides a basic protein inference step, integrating PSMs into protein ambiguity groups where peptides can be matched to more than one protein. Importantly, we have also implemented full support for the mzIdentML data standard, recently released by the Proteomics Standards Initiative, providing users with the ability to convert native formats to mzIdentML files, which are available to download.
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影响因子：
7.4
作者：
Fenyö, D;Beavis, RC
通讯作者：
Beavis, RC
影响因子：
7.4
作者：
Sadygov, RG;Liu, HB;Yates, JR
通讯作者：
Yates, JR
影响因子：
4.4
作者：
Kim, Sangtae;Gupta, Nitin;Pevzner, Pavel A.
通讯作者：
Pevzner, Pavel A.
DOI：
10.1016/s1044-0305(02)00352-5
发表时间：
2002-04-01
影响因子：
3.2
作者：
Moore, RE;Young, MK;Lee, TD
通讯作者：
Lee, TD
影响因子：
4.4
作者：
Bianco, Luca;Mead, Jennifer A.;Bessant, Conrad
通讯作者：
Bessant, Conrad