Pandora: nucleotide-resolution bacterial pan-genomics with reference graphs.
Pandora: nucleotide-resolution bacterial pan-genomics with reference graphs.
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DOI：
10.1186/s13059-021-02473-1
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发表时间：
2021-09-14
期刊：
影响因子：
12.3
通讯作者：
Iqbal Z
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Colquhoun RM;Hall MB;Lima L;Roberts LW;Malone KM;Hunt M;Letcher B;Hawkey J;George S;Pankhurst L;Iqbal Z
我们提出了潘多拉，一种新的泛基因组图结构和算法，用于识别整个细菌泛基因组的变体。由于细菌的适应性取决于辅助基因组，因此仅分析核心基因组中的SNP的方法具有令人不满意的局限性。Pandora将测序的基因组近似为参考的重组体，检测新的变异和泛基因型多个样品。使用578个大肠杆菌基因组的参考图，我们比较了20个不同的分离株。Pandora比基于单一参考的工具恢复了更多的稀有SNP，明显优于选择最接近的RefSeq参考，并为分析不同的样本提供了一个稳定的框架，而没有参考偏倚。在线版本包含补充材料，可通过10.1186/s13059-021-02473-1获得。
We present pandora, a novel pan-genome graph structure and algorithms for identifying variants across the full bacterial pan-genome. As much bacterial adaptability hinges on the accessory genome, methods which analyze SNPs in just the core genome have unsatisfactory limitations. Pandora approximates a sequenced genome as a recombinant of references, detects novel variation and pan-genotypes multiple samples. Using a reference graph of 578 Escherichia coli genomes, we compare 20 diverse isolates. Pandora recovers more rare SNPs than single-reference-based tools, is significantly better than picking the closest RefSeq reference, and provides a stable framework for analyzing diverse samples without reference bias. The online version contains supplementary material available at 10.1186/s13059-021-02473-1.
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DOI：
10.1080/2159256x.2016.1179074
发表时间：
2016-05
期刊：
Mobile genetic elements
影响因子：
--
作者：
Harrison E;Dytham C;Hall JP;Guymer D;Spiers AJ;Paterson S;Brockhurst MA
通讯作者：
Brockhurst MA
DOI：
10.1093/bioinformatics/btx610
发表时间：
2018-01-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Hadfield J;Croucher NJ;Goater RJ;Abudahab K;Aanensen DM;Harris SR
通讯作者：
Harris SR
影响因子：
4.4
作者：
Didelot X;Méric G;Falush D;Darling AE
通讯作者：
Darling AE
DOI：
10.1093/bioinformatics/btu406
发表时间：
2014-10-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Drezen E;Rizk G;Chikhi R;Deltel C;Lemaitre C;Peterlongo P;Lavenier D
通讯作者：
Lavenier D
影响因子：
4.9
作者：
Decraene, V.;Phan, H. T. T.;Cawthorne, J.
通讯作者：
Cawthorne, J.