Metagenomic biomarker discovery and explanation.
Metagenomic biomarker discovery and explanation.
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DOI：
10.1186/gb-2011-12-6-r60
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发表时间：
2011-06-24
期刊：
影响因子：
12.3
通讯作者：
Huttenhower C
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Segata N;Izard J;Waldron L;Gevers D;Miropolsky L;Garrett WS;Huttenhower C
本研究通过分类比较、生物一致性检验和效应大小估计，描述并验证了一种新的元基因组生物标志物发现方法。这解决了寻找生物体、基因或途径来一致地解释两个或更多微生物群落之间的差异的挑战，这是元基因组学研究的中心问题。我们在几个微生物上广泛验证了我们的方法，并在http://huttenhower.sph.harvard.edu/lefse/.上提供了一个方便的在线界面
This study describes and validates a new method for metagenomic biomarker discovery by way of class comparison, tests of biological consistency and effect size estimation. This addresses the challenge of finding organisms, genes, or pathways that consistently explain the differences between two or more microbial communities, which is a central problem to the study of metagenomics. We extensively validate our method on several microbiomes and a convenient online interface for the method is provided at http://huttenhower.sph.harvard.edu/lefse/.
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影响因子：
4.2
作者：
Culligan EP;Hill C;Sleator RD
通讯作者：
Sleator RD
影响因子：
56.9
作者：
Golub, TR;Slonim, DK;Lander, ES
通讯作者：
Lander, ES
影响因子：
5.8
作者：
Goll, Johannes;Rusch, Douglas B.;Yooseph, Shibu
通讯作者：
Yooseph, Shibu
影响因子：
14.9
作者：
Cole JR;Wang Q;Cardenas E;Fish J;Chai B;Farris RJ;Kulam-Syed-Mohideen AS;McGarrell DM;Marsh T;Garrity GM;Tiedje JM
通讯作者：
Tiedje JM
影响因子：
64.5
作者：
Garrett, Wendy S.;Lord, Graham M.;Glimcher, Laurie H.
通讯作者：
Glimcher, Laurie H.