A sensitive mNeonGreen reporter system to measure transcriptional dynamics in Drosophila development.
A sensitive mNeonGreen reporter system to measure transcriptional dynamics in Drosophila development.
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DOI：
10.1038/s42003-020-01375-5
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发表时间：
2020-11-12
影响因子：
5.9
通讯作者：
Gaul U
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Ceolin S;Hanf M;Bozek M;Storti AE;Gompel N;Unnerstall U;Jung C;Gaul U
果蝇前后轴形成的基因调控网络是发育生物学中研究转录的一个成熟范例。然而，在发育的早期阶段，基因表达的快速时间动态很难用标准技术来跟踪。我们优化了明亮且快速成熟的荧光蛋白mNeonGreen作为增强子表达的实时定量报告蛋白。我们从报告荧光动力学中获得增强子活性，具有高空间和时间分辨率，使用鲁棒重建算法。通过将我们的结果与建立的MS2-MCP系统获得的数据进行比较，我们证明了我们的报告具有更高的检测灵敏度。我们使用报告器量化了一种简单合成增强子变体的活性，并观察到增强子-启动子距离减少或先锋转录因子Zelda结合位点增加时活性增加。我们的报告系统是研究活胚胎中基因时空表达动态的有力工具。Ceolin等人对荧光蛋白mNeonGreen进行了优化，生成了一个报告基因，用于测量果蝇活体胚胎中增强子的表达。他们还发现，减少增强子与启动子的距离或增加先锋转录因子Zelda的结合位点会增加增强子的活性。
The gene regulatory network governing anterior–posterior axis formation in Drosophila is a well-established paradigm to study transcription in developmental biology. The rapid temporal dynamics of gene expression during early stages of development, however, are difficult to track with standard techniques. We optimized the bright and fast-maturing fluorescent protein mNeonGreen as a real-time, quantitative reporter of enhancer expression. We derive enhancer activity from the reporter fluorescence dynamics with high spatial and temporal resolution, using a robust reconstruction algorithm. By comparing our results with data obtained with the established MS2-MCP system, we demonstrate the higher detection sensitivity of our reporter. We used the reporter to quantify the activity of variants of a simple synthetic enhancer, and observe increased activity upon reduction of enhancer–promoter distance or addition of binding sites for the pioneer transcription factor Zelda. Our reporter system constitutes a powerful tool to study spatio-temporal gene expression dynamics in live embryos. Ceolin et al. optimise the fluorescent protein mNeonGreen to generate a reporter to measure enhancer expression in living Drosophila embryos. They also find that reduced enhancer–promoter distance or addition of binding sites for the pioneer transcription factor Zelda increases enhancer activity.
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DOI：
10.1016/j.cub.2016.02.054
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2016-05-09
期刊：
Current biology : CB
影响因子：
--
作者：
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Levine M
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作者：
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