The ITS2 Database III--sequences and structures for phylogeny.
The ITS2 Database III--sequences and structures for phylogeny.
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DOI：
10.1093/nar/gkp966
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发表时间：
2010-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Schultz J
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Koetschan C;Förster F;Keller A;Schleicher T;Ruderisch B;Schwarz R;Müller T;Wolf M;Schultz J
内部转录间隔区 2 (ITS2) 是一种广泛使用的系统发育标记。过去，它主要用于物种级别的分类。如今，更广泛的适用性变得显而易见。在这里，RNA 分子的保守结构起着至关重要的作用。我们开发了 ITS2 数据库 (http://its2.bioapps.biozentrum.uni-wuerzburg.de)，其中包含 GenBank 中所有 ITS2 的序列、结构和分类学分类信息。在新版本中，我们使用隐马尔可夫模型（HMM）来识别和描绘 ITS2，从而对注释管道进行了重大重新设计。这使得能够识别超过 160 000 个正确的全长和超过 50 000 个部分结构。在网络界面中，现在可以使用经过修改的 BLAST 搜索序列和结构，从而实现快速分类单元采样。新序列可以使用基于 HMM 的方法进行注释，并根据多个模板结构进行建模。可以搜索序列以查找已知和新识别的基序。数据库和 Web 服务器共同为基于 ITS2 的系统发育分析构建了详尽的资源。
The internal transcribed spacer 2 (ITS2) is a widely used phylogenetic marker. In the past, it has mainly been used for species level classifications. Nowadays, a wider applicability becomes apparent. Here, the conserved structure of the RNA molecule plays a vital role. We have developed the ITS2 Database (http://its2.bioapps.biozentrum.uni-wuerzburg.de) which holds information about sequence, structure and taxonomic classification of all ITS2 in GenBank. In the new version, we use Hidden Markov models (HMMs) for the identification and delineation of the ITS2 resulting in a major redesign of the annotation pipeline. This allowed the identification of more than 160 000 correct full length and more than 50 000 partial structures. In the web interface, these can now be searched with a modified BLAST considering both sequence and structure, enabling rapid taxon sampling. Novel sequences can be annotated using the HMM based approach and modelled according to multiple template structures. Sequences can be searched for known and newly identified motifs. Together, the database and the web server build an exhaustive resource for ITS2 based phylogenetic analyses.
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使用4sale的RNA序列和二级结构比对的同步视觉分析和编辑。
影响因子：
1.8
作者：
Seibel PN;Müller T;Dandekar T;Wolf M
通讯作者：
Wolf M
影响因子：
14.9
作者：
Benson DA;Cavanaugh M;Clark K;Karsch-Mizrachi I;Lipman DJ;Ostell J;Sayers EW
通讯作者：
Sayers EW
影响因子：
5.8
作者：
Byun, Yanga;Han, Kyungsook
通讯作者：
Han, Kyungsook
影响因子：
3.5
作者：
Keller, Alexander;Schleicher, Tina;Wolf, Matthias
通讯作者：
Wolf, Matthias
影响因子：
5.8
作者：
Wolf, Matthias;Ruderisch, Benjamin;Mueller, Tobias
通讯作者：
Mueller, Tobias