Implication of a new function of human tDNAs in chromatin organization.
Implication of a new function of human tDNAs in chromatin organization.
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DOI：
10.1038/s41598-020-74499-7
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发表时间：
2020-10-15
影响因子：
4.6
通讯作者：
Okada N
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Iwasaki Y;Ikemura T;Kurokawa K;Okada N
转移 RNA 基因 (tDNA) 是所有物种中编码 tRNA 的必需基因。为了了解除编码 tRNA 之外的 tDNA 的新功能，我们使用 ENCODE 数据来检查人类基因组中所有 tDNA 区域（489 个基因座）的转录因子 (TF) 的结合特征。我们根据与 tDNA 结合的 TF 数量将 tDNA 分为三组。两个极端是许多 TF 结合的 tDNA（第 1 组）和没有 TF 结合的 tDNA（第 3 组）。一些参与染色质重塑的 TF（例如 ATF3、EP300 和 TBL1XR1）与几乎所有第 1 组 tDNA 结合。此外，几乎所有第 1 组 tDNA 都包含 DNase I 超敏位点，因此可能通过其结合的 TF 与其他染色质区域相互作用，并且它们在四足动物中表现出高度保守的同线性。相比之下，第 3 组 tDNA 不具备这些特征。这些数据表明这些 tDNA 存在以前未表征的功能。我们还研究了 CTCF 与 tDNA 的结合及其在拓扑关联域（TAD）和层相关域（LAD）中的参与，这为 tDNA 的进化和功能提供了新的视角。
Transfer RNA genes (tDNAs) are essential genes that encode tRNAs in all species. To understand new functions of tDNAs, other than that of encoding tRNAs, we used ENCODE data to examine binding characteristics of transcription factors (TFs) for all tDNA regions (489 loci) in the human genome. We divided the tDNAs into three groups based on the number of TFs that bound to them. At the two extremes were tDNAs to which many TFs bound (Group 1) and those to which no TFs bound (Group 3). Several TFs involved in chromatin remodeling such as ATF3, EP300 and TBL1XR1 bound to almost all Group 1 tDNAs. Furthermore, almost all Group 1 tDNAs included DNase I hypersensitivity sites and may thus interact with other chromatin regions through their bound TFs, and they showed highly conserved synteny across tetrapods. In contrast, Group 3 tDNAs did not possess these characteristics. These data suggest the presence of a previously uncharacterized function of these tDNAs. We also examined binding of CTCF to tDNAs and their involvement in topologically associating domains (TADs) and lamina-associated domains (LADs), which suggest a new perspective on the evolution and function of tDNAs.
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影响因子：
64.5
作者：
Phillips-Cremins JE;Sauria ME;Sanyal A;Gerasimova TI;Lajoie BR;Bell JS;Ong CT;Hookway TA;Guo C;Sun Y;Bland MJ;Wagstaff W;Dalton S;McDevitt TC;Sen R;Dekker J;Taylor J;Corces VG
通讯作者：
Corces VG
影响因子：
64.8
作者：
Guelen, Lars;Pagie, Ludo;van Steensel, Bas
通讯作者：
van Steensel, Bas
影响因子：
14.9
作者：
Darrow EM;Chadwick BP
通讯作者：
Chadwick BP
影响因子：
2.9
作者：
Bunney PE;Zink AN;Holm AA;Billington CJ;Kotz CM
通讯作者：
Kotz CM
影响因子：
64.5
作者：
Lupiáñez DG;Kraft K;Heinrich V;Krawitz P;Brancati F;Klopocki E;Horn D;Kayserili H;Opitz JM;Laxova R;Santos-Simarro F;Gilbert-Dussardier B;Wittler L;Borschiwer M;Haas SA;Osterwalder M;Franke M;Timmermann B;Hecht J;Spielmann M;Visel A;Mundlos S
通讯作者：
Mundlos S