Histone methylation marks play important roles in predicting the methylation status of CpG islands.
Histone methylation marks play important roles in predicting the methylation status of CpG islands.
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DOI：
10.1016/j.bbrc.2008.07.077
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发表时间：
2008-09-26
影响因子：
3.1
通讯作者：
Zhang, Xuegong
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Fan, Shicai;Zhang, Michael Q.;Zhang, Xuegong
CpG岛的甲基化状态与基因表达高度相关。目前用于DNA甲基化的计算预测的方法仅利用DNA序列特征。在本研究中，除了35个DNA序列特征外，我们增加了4个组蛋白甲基化标记来预测CpG岛的甲基化状态，准确率提高到89.94%。我们还应用该模型预测了人类基因组中所有CpG岛的甲基化模式，结果与以前的报道一致。我们的研究结果暗示了组蛋白甲基化标记在影响CpG岛甲基化状态中的重要作用。富含甲基化抗性CpG岛的H3K4me可以破坏核小体之间的接触，解开染色质并使DNA序列可访问。开放环境的建立可能是锌指蛋白功能实现的先决条件或结果，锌指蛋白可以保护CpG岛免受DNA甲基化的影响。
The methylation status of CpG islands are highly correlated with gene expression. Current methods for computational prediction of DNA methylation only utilize DNA sequence features. In this study, besides 35 DNA sequence features, we added 4 histone methylation marks to predict the methylation status of CpG islands, and improved the accuracy to 89.94%. Also we applied our model to predict the methylation pattern of all the CpG islands in the human genome, and the results are consistent with the previous reports. Our results imply the important roles of histone methylation marks in affecting the methylation status of CpG islands. H3K4me enriched in the methylation-resistant CpG islands could disrupt the contacts between nucleosomes, unravel chromatin and make DNA sequences accessible. And the established open environment may be a prerequisite for or a consequence of the function implementation of zinc finger proteins that could protect CpG islands from DNA methylation.
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