Integrating phenotype ontologies across multiple species.
Integrating phenotype ontologies across multiple species.
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DOI：
10.1186/gb-2010-11-1-r2
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发表时间：
2010-01-08
期刊：
影响因子：
12.3
通讯作者：
Ashburner M
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Mungall CJ;Gkoutos GV;Smith CL;Haendel MA;Lewis SE;Ashburner M
一个表型本体，可用于跨多个物种的表型-基因型数据分析，为真正的跨物种转化研究铺平道路。表型本体通常被构建为服务于特定社区的需求，例如小鼠或人类中基因型-表型关联的注释。在这里，我们演示了如何通过分配逻辑定义，使用表型质量的核心本体和多个额外的本体从开放生物本体库，这些本体可以得到改善。我们还展示了如何将这些逻辑定义与统一的多物种解剖本体相结合时，可以用于数据集成。
A phenotypic ontology that can be used for the analysis of phenotype-genotype data across multiple species, paving the way for truly cross species translational research. Phenotype ontologies are typically constructed to serve the needs of a particular community, such as annotation of genotype-phenotype associations in mouse or human. Here we demonstrate how these ontologies can be improved through assignment of logical definitions using a core ontology of phenotypic qualities and multiple additional ontologies from the Open Biological Ontologies library. We also show how these logical definitions can be used for data integration when combined with a unified multi-species anatomy ontology.
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