The Mammalian Ribo-interactome Reveals Ribosome Functional Diversity and Heterogeneity.
The Mammalian Ribo-interactome Reveals Ribosome Functional Diversity and Heterogeneity.
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DOI：
10.1016/j.cell.2017.05.022
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发表时间：
2017-06-01
期刊：
影响因子：
64.5
通讯作者：
Barna M
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Simsek D;Tiu GC;Flynn RA;Byeon GW;Leppek K;Xu AF;Chang HY;Barna M
在真核生物的进化过程中，核糖体的大小显著增加，形成了一个功能未知的表面暴露的核糖体RNA（rRNA）壳，这可能会为尚未表征的相互作用蛋白质创造一个界面。为了研究这种蛋白质相互作用，我们建立了一种核糖体亲和纯化方法，该方法出乎意料地从代谢、细胞周期以及RNA和蛋白质修饰酶等类别中鉴定出数百种核糖体相关蛋白（RAP），这些蛋白质修饰酶在功能上使哺乳动物核糖体多样化。通过进一步表征RAP，我们发现存在ufmylation，一种后生动物特异性的翻译后修饰，在核糖体上，并定义其直接底物。此外，我们发现，代谢酶，丙酮酸激酶肌肉（PKM），与子池的内质网（ER）相关的核糖体相互作用，发挥非典型的功能，作为一个RNA结合蛋白的ER-注定的mRNA的翻译。因此，RAP将生命中最古老的分子机器之一与不同的细胞过程相互连接，为蛋白质表达提供了额外的调节潜力。
During eukaryotic evolution, ribosomes have considerably increased in size forming a surface exposed ribosomal RNA (rRNA) shell of unknown function, which may create an interface for yet uncharacterized interacting proteins. To investigate such protein interactions, we establish a ribosome affinity purification method that unexpectedly identified hundreds of ribosome associated proteins (RAPs) from categories including metabolism, cell cycle, as well as RNA and protein modifying enzymes that functionally diversify mammalian ribosomes. By further characterizing RAPs, we discover the presence of ufmylation, a metazoan-specific posttranslational modification, on ribosomes and define its direct substrates. Moreover, we show that the metabolic enzyme, pyruvate kinase muscle (PKM), interacts with sub-pools of endoplasmic reticulum (ER)-associated ribosomes, exerting a non-canonical function as an RNA binding protein in the translation of ER-destined mRNAs. Therefore, RAPs interconnect one of life’s most ancient molecular machines with diverse cellular processes, providing an additional layer of regulatory potential to protein expression.
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影响因子：
4.8
作者：
Huppertz, Ina;Attig, Jan;D'Ambrogio, Andrea;Easton, Laura E.;Sibley, Christopher R.;Sugimoto, Yoichiro;Tajnik, Mojca;Koenig, Julian;Ule, Jernej
通讯作者：
Ule, Jernej
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作者：
Israelsen WJ;Vander Heiden MG
通讯作者：
Vander Heiden MG
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作者：
Israelsen WJ;Dayton TL;Davidson SM;Fiske BP;Hosios AM;Bellinger G;Li J;Yu Y;Sasaki M;Horner JW;Burga LN;Xie J;Jurczak MJ;DePinho RA;Clish CB;Jacks T;Kibbey RG;Wulf GM;Di Vizio D;Mills GB;Cantley LC;Vander Heiden MG
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Vander Heiden MG
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Darnell JC;Van Driesche SJ;Zhang C;Hung KY;Mele A;Fraser CE;Stone EF;Chen C;Fak JJ;Chi SW;Licatalosi DD;Richter JD;Darnell RB
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Darnell RB
影响因子：
64.8
作者：
Dominissini D;Nachtergaele S;Moshitch-Moshkovitz S;Peer E;Kol N;Ben-Haim MS;Dai Q;Di Segni A;Salmon-Divon M;Clark WC;Zheng G;Pan T;Solomon O;Eyal E;Hershkovitz V;Han D;Doré LC;Amariglio N;Rechavi G;He C
通讯作者：
He C