Distinct MUNC lncRNA structural domains regulate transcription of different promyogenic factors.
Distinct MUNC lncRNA structural domains regulate transcription of different promyogenic factors.
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DOI：
10.1016/j.celrep.2022.110361
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发表时间：
2022-02-15
期刊：
影响因子：
8.8
通讯作者：
Dutta A
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Przanowska RK;Weidmann CA;Saha S;Cichewicz MA;Jensen KN;Przanowski P;Irving PS;Janes KA;Guertin MJ;Weeks KM;Dutta A
使用转录组学数据已经发现了许多lncRNA;然而，目前还不清楚lncRNA的哪一部分是功能性的，以及什么结构特性影响它们的表型。MSNIncRNA（也称为DRReRNA）作为Myod 1基因顺式的增强子RNA，并通过募集粘附素复合物刺激其他促肌原基因的反式表达。在这里，对RNA结构的实验探测显示，MPEG4包含在缺乏实验信息的情况下预测算法无法检测到的多个结构域。我们表明，这些特定的和结构上不同的域是诱导前肌基因，结合基因组位点和基因表达调控，并结合的粘附素复合物所必需的。Myod 1诱导和粘附素相互作用仅包含MclD表型的一个子集。我们的研究揭示了出乎意料的复杂的，结构驱动的功能，为MMCs lncRNA，并强调了实验确定的结构的重要性，以了解lncRNA的结构-功能关系。Przanowska等人鉴定了MIBI lncRNA的二级结构，并确定了在骨骼肌分化期间负责基因表达调控的结构域。这项研究建立了实验驱动的二级结构建模与结构功能分析相结合的能力，以确定lncRNA的功能结构域和作用机制。
Many lncRNAs have been discovered using transcriptomic data; however, it is unclear what fraction of lncRNAs is functional and what structural properties affect their phenotype. MUNC lncRNA (also known as DRReRNA) acts as an enhancer RNA for the Myod1 gene in cis and stimulates the expression of other promyogenic genes in trans by recruiting the cohesin complex. Here, experimental probing of the RNA structure revealed that MUNC contains multiple structural domains not detected by prediction algorithms in the absence of experimental information. We show that these specific and structurally distinct domains are required for induction of promyogenic genes, for binding genomic sites and gene expression regulation, and for binding the cohesin complex. Myod1 induction and cohesin interaction comprise only a subset of MUNC phenotype. Our study reveals unexpectedly complex, structure-driven functions for the MUNC lncRNA and emphasizes the importance of experimentally determined structures for understanding structure-function relationships in lncRNAs. Przanowska et al. identify the secondary structure of MUNC lncRNA and determine structural domains responsible for gene expression regulation during skeletal muscle differentiation. This study establishes the power of integrating experimentally driven secondary structure modeling with structure-function analyses to identify functional domains and mechanisms of action of lncRNAs.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btr064
发表时间：
2011-04-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Grant CE;Bailey TL;Noble WS
通讯作者：
Noble WS
DOI：
10.1093/bioinformatics/btu638
发表时间：
2015-01-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Anders S;Pyl PT;Huber W
通讯作者：
Huber W
影响因子：
48
作者：
Langmead, Ben;Salzberg, Steven L.
通讯作者：
Salzberg, Steven L.
DOI：
10.1093/bioinformatics/btp250
发表时间：
2009-08-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Darty K;Denise A;Ponty Y
通讯作者：
Ponty Y
影响因子：
14.9
作者：
Diez D;Hutchins AP;Miranda-Saavedra D
通讯作者：
Miranda-Saavedra D