Proteome atlas of human chromosome 8 and its multiple 8p deficiencies in tumorigenesis of the stomach, colon, and liver.
Proteome atlas of human chromosome 8 and its multiple 8p deficiencies in tumorigenesis of the stomach, colon, and liver.
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人类 8 号染色体的蛋白质组图谱及其在胃、结肠和肝脏肿瘤发生中的多个 8p 缺陷。
DOI：
10.1021/pr300834r
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发表时间：
2013-01
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
He F
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Chang C;Li N;Liu S;He F
8号染色体是人类中长度的正染色质单位，具有极高的突变率，不仅可以在进化中检测到，而且可以在多种突变疾病中检测到，例如肿瘤发生和进一步的侵袭/转移。中国以染色体为中心的人类蛋白质组计划根据染色体组织路线图，系统地分析了胃、结肠、肝脏三个消化器官及其对应的癌组织/细胞系的蛋白质组。通过严格的标准，我们分别从胃、结肠和肝脏样本中鉴定出701个8号染色体编码蛋白中的271个（38.7%）、330个（47.1%）和325个（46.4%），并观察到413个已鉴定蛋白的总覆盖率高达58.9%。通过大规模无标记蛋白质组定量，我们还发现了一些8p缺陷，如在上述消化器官的肿瘤发生中存在8p21-p23，这与之前的报道很好地吻合。据我们所知，这是第一个在蛋白质组水平上验证这些8p缺陷的研究，补充了基因组和转录组数据。
Chromosome 8, a medium-length euchromatic unit in humans that has an extraordinarily high mutation rate, can be detected not only in evolution but also in multiple mutant diseases, such as tumorigenesis, and further invasion/metastasis. The Chromosome-Centric Human Proteome Project of China systematically profiles the proteomes of three digestive organs (i.e., stomach, colon, and liver) and their corresponding carcinoma tissues/cell lines according to a chromosome organizational roadmap. By rigorous standards, we have identified 271 (38.7%), 330 (47.1%), and 325 (46.4%) of 701 chromosome 8-coded proteins from stomach, colon, and liver samples, respectively, in Swiss-Prot and observed a total coverage rate of up to 58.9% by 413 identified proteins. Using large-scale label-free proteome quantitation, we also found some 8p deficiencies, such as the presence of 8p21-p23 in tumorigenesis of the above-described digestive organs, which is in good agreement with previous reports. To our best knowledge, this is the first study to have verified these 8p deficiencies at the proteome level, complementing genome and transcriptome data.
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影响因子：
7.4
作者：
Morikawa, A;Williams, TY;Dirix, L;Colpaert, C;Goodman, M;Lyles, RH;Zhong, DS;Zhou, W
通讯作者：
Zhou, W
影响因子：
13.5
作者：
Plentz, RR;Schlegelberger, B;Wilkens, L
通讯作者：
Wilkens, L
DOI：
10.1016/j.bbrc.2009.07.102
发表时间：
2009-10
影响因子：
3.1
作者：
A. Herbst;Simone Helferich;A. Behrens;B. Göke;F. Kolligs
通讯作者：
A. Herbst;Simone Helferich;A. Behrens;B. Göke;F. Kolligs
影响因子：
14.9
作者：
Bruford, Elspeth A.;Lush, Michael J.;Wright, Mathew W.;Sneddon, Tam P.;Povey, Sue;Birney, Ewan
通讯作者：
Birney, Ewan
影响因子：
3.8
作者：
Kummola, L;Hämäläinen, JM;Kivelä, J;Kivelä, AJ;Saarnio, J;Karttunen, T;Parkkila, S
通讯作者：
Parkkila, S