ESTpass: a web-based server for processing and annotating expressed sequence tag (EST) sequences.
ESTpass: a web-based server for processing and annotating expressed sequence tag (EST) sequences.
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DOI：
10.1093/nar/gkm369
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发表时间：
2007-07
影响因子：
14.9
通讯作者：
Choi YJ
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Lee B;Hong T;Byun SJ;Woo T;Choi YJ
我们提出了一个基于Web的服务器，称为ESTpass，用于处理和注释表达序列标签（EST）项目的序列数据。ESTpass接受FASTA格式的EST文件及其质量文件作为输入，然后执行由三个连续步骤组成的后端EST分析管道。第一个是清洗输入EST序列。第二步是使用d2_cluster和CAP3程序对纯化的EST序列进行聚类和组装，并产生推定的转录本。从CAP3输出，ESTpass检测嵌合EST序列，其通过与nr数据库的比较来确认。最后一步是根据用户指定的选项使用RefSeq、InterPro、GO和KEGG基因数据库注释推定的转录物序列。ESTpass的主要优点是整合了清洗和注释过程、严格的嵌合EST检测、详尽的注释和电子邮件报告，以通知用户有关进度并发送分析结果。ESTpass结果包括三个报告（摘要、清理和注释）和下载功能，以及图形统计。它们可以使用标准的Web浏览器进行检索和下载。该服务器位于http://estpass.kobic.re.kr/。
We present a web-based server, called ESTpass, for processing and annotating sequence data from expressed sequence tag (EST) projects. ESTpass accepts a FASTA-formatted EST file and its quality file as inputs, and it then executes a back-end EST analysis pipeline consisting of three consecutive steps. The first is cleansing the input EST sequences. The second is clustering and assembling the cleansed EST sequences using d2_cluster and CAP3 programs and producing putative transcripts. From the CAP3 output, ESTpass detects chimeric EST sequences which are confirmed through comparison with the nr database. The last step is annotating the putative transcript sequences using RefSeq, InterPro, GO and KEGG gene databases according to user-specified options. The major advantages of ESTpass are the integration of cleansing and annotating processes, rigorous chimeric EST detection, exhaustive annotation, and email reporting to inform the user about the progress and to send the analysis results. The ESTpass results include three reports (summary, cleansing and annotation) and download function, as well as graphic statistics. They can be retrieved and downloaded using a standard web browser. The server is available at http://estpass.kobic.re.kr/.
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