Genetic Analysis of Porphyra yezoensis Using Microsatellite Markers
Genetic Analysis of Porphyra yezoensis Using Microsatellite Markers
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利用微卫星标记对条斑紫菜进行遗传分析
DOI：
10.1007/s11105-009-0101-8
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发表时间：
2009-06
影响因子：
2.1
通讯作者：
Kong, Fanna
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Wang, Li;Yang, Hui;Mao, Yunxiang;Qu, Haijun;Yan, Xinghong;Kong, Fanna
微卫星是基因组中具有高度变异性的重复序列，是研究真核生物遗传多态性和构建遗传连锁图谱的重要工具。条斑紫菜（Porphyrayezoensis）上田（Ueda）是一种具有重要经济价值的海藻，目前正利用分子标记辅助育种进行遗传改良。因此，为了开发条斑紫菜的微卫星标记，构建了微卫星（或简单重复序列）富集文库以鉴定（GA）n和（CA）n基序。共鉴定出71个微卫星克隆，其中30对引物被开发。其中，24（80%）扩增聚合酶链反应产物的预期大小。12对引物扩增出2~4条带，另外12对引物扩增出单态带型。使用POPGENE软件版本1.32分析12个基因座的数据。12个位点共产生29个等位基因，平均每个位点产生2.42个等位基因（Na）和1.81个有效等位基因（Ne）。利用这些标记分析了条斑紫菜11个地理不同品系的遗传多样性。总的来说，这些品系被聚类成两个部分，来自接近地理位置的品系聚类在一起。进一步对两个微卫星位点大小变异等位基因进行克隆和测序，发现不同等位基因中重复基序数目的不同是多态性的主要来源。
Microsatellites are repetitive genomic elements that show high levels of variation and therefore are useful tools for studying genetic polymorphism and constructing genetic linkage maps of eukaryotic organisms. Porphyra yezoensis Ueda is an economically important seaweed that is being targeted for genetic improvement using marker-assisted breeding. Hence, in an attempt to develop microsatellite markers for P. yezoensis, a microsatellite (or simple sequence repeat)-enriched library was constructed to identify (GA)n and (CA)n motifs. A total of 71 perfect microsatellite clones were identified, of which 30 simple sequence repeat primer pairs were developed. Of these, 24 (80%) amplified polymerase chain reaction products of expected sizes. Twelve primer pairs amplified two to four bands, whereas another 12 primer pairs produced monomorphic banding patterns. Data for 12 loci were analyzed using POPGENE software version 1.32. A total of 29 alleles were produced at 12 loci, with an average of 2.42 alleles (Na) and 1.81 effective alleles (Ne) per locus. These markers were used to analyze the genetic diversity within 11 geographically different lines of P. yezoensis. Overall, these lines were clustered into two divisions with those from close geographic locations clustering together. Further cloning and sequencing of size variant alleles at two microsatellite loci revealed that the variable numbers of motif repeats in different alleles were major sources of polymorphisms.
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