GROP: A genomic information repository for oilplants.
GROP: A genomic information repository for oilplants.
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DOI：
10.3389/fpls.2022.1023938
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发表时间：
2022
影响因子：
5.6
通讯作者：
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
生物质能源是农业经济的重要组成部分，是应对化石燃料枯竭和全球变暖的重要且特别重要的可再生能源。人们认识到许多植物自然合成碳氢化合物，使这些油料植物成为生物质能源不可或缺的资源，而近年来新一代测序技术的进步现在已经提供了大量有关合成油的植物的数据。我们利用多种生物信息学协议从海量基因组数据中获取关键信息，并通过Django、Bootstrap、echarts等网站技术构建油料基因组信息库，打造油料基因组信息库（GROP）门户网站（），用于油料基因组学研究。当前版本的GROP集成了来自18个物种、22个基因组组装体和46个转录组的编码序列、蛋白质序列、基因组结构、功能注释信息和其他信息。 GROP 还提供 BLAST、基因组浏览器、功能丰富和搜索工具。 GROP 将大量油料植物基因组数据与关键生物信息学工具集成在数据库中，并具有用户友好的界面，使 GROP 能够作为中央信息存储库，促进全世界研究人员对油料植物的研究。
Biomass energy is an essential component of the agriculture economy and represents an important and particularly significant renewable energy source in the fight against fossil fuel depletion and global warming. The recognition that many plants naturally synthesize hydrocarbons makes these oil plants indispensable resources for biomass energy, and the advancement of next-generation sequencing technology in recent years has now made available mountains of data on plants that synthesize oil. We have utilized a combination of bioinformatic protocols to acquire key information from this massive amount of genomic data and to assemble it into an oil plant genomic information repository, built through website technology, including Django, Bootstrap, and echarts, to create the Genomic Information Repository for Oil Plants (GROP) portal () for genomics research on oil plants. The current version of GROP integrates the coding sequences, protein sequences, genome structure, functional annotation information, and other information from 18 species, 22 genome assemblies, and 46 transcriptomes. GROP also provides BLAST, genome browser, functional enrichment, and search tools. The integration of the massive amounts of oil plant genomic data with key bioinformatics tools in a database with a user-friendly interface allows GROP to serve as a central information repository to facilitate studies on oil plants by researchers worldwide.
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影响因子：
12.3
作者：
Buels R;Yao E;Diesh CM;Hayes RD;Munoz-Torres M;Helt G;Goodstein DM;Elsik CG;Lewis SE;Stein L;Holmes IH
通讯作者：
Holmes IH
影响因子：
13.8
作者：
Zou, Jun;Mao, Lingfeng;Fan, Longjiang
通讯作者：
Fan, Longjiang
影响因子：
10.7
作者：
Priyann, Anurag;Woodcroft, Ben J.;Wurm, Yannick
通讯作者：
Wurm, Yannick
DOI：
10.1073/pnas.1708621114
发表时间：
2017-10-01
影响因子：
11.1
作者：
Unver, Turgay;Wu, Zhangyan;Van de Peer, Yves
通讯作者：
Van de Peer, Yves
DOI：
10.1093/bioinformatics/btp692
发表时间：
2010-02-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Li B;Ruotti V;Stewart RM;Thomson JA;Dewey CN
通讯作者：
Dewey CN