Evolution of yeast noncoding RNAs reveals an alternative mechanism for widespread intron loss.
Evolution of yeast noncoding RNAs reveals an alternative mechanism for widespread intron loss.
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DOI：
10.1126/science.1194554
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发表时间：
2010-11-05
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Johnson AD
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Mitrovich QM;Tuch BB;De La Vega FM;Guthrie C;Johnson AD
导致内含子丢失的进化力量尚未解决。虽然研究集中在蛋白质编码基因上，但这里我们分析的是非编码小核仁RNA(SnoRNA)基因，其中内含子，而不是外显子，是典型的功能元件。在以人类病原体白色念珠菌为例的酵母谱系中，通过深RNA测序和剪接接头的全基因组注释，我们发现--极度紧凑和相关外显子的丢失，但内含子内保留了snoRNAs。然而，在酵母谱系中，我们发现由于剪接信号的广泛退化而丢失的是内含子。这种内含子的丢失，可能是由snoRNA加工中的创新促进的，在机制和进化时间上都与蛋白质编码基因中观察到的不同。
The evolutionary forces responsible for intron loss are unresolved. Whereas research has focused on protein-coding genes, here we analyze noncoding small nucleolar RNA (snoRNA) genes in which introns, rather than exons, are typically the functional elements. Within the yeast lineage exemplified by the human pathogen Candida albicans, we find—through deep RNA sequencing and genome-wide annotation of splice junctions—extreme compaction and loss of associated exons, but retention of snoRNAs within introns. In the Saccharomyces yeast lineage, however, we find it is the introns that have been lost through widespread degeneration of splicing signals. This intron loss, perhaps facilitated by innovations in snoRNA processing, is distinct from that observed in protein-coding genes with respect to both mechanism and evolutionary timing.
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