Challenges and considerations for reproducibility of STARR-seq assays.
Challenges and considerations for reproducibility of STARR-seq assays.
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DOI：
10.1101/gr.277204.122
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发表时间：
2023-04
期刊：
影响因子：
7
通讯作者：
Girirajan, Santhosh
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Das, Maitreya;Hossain, Ayaan;Banerjee, Deepro;Praul, Craig Alan;Girirajan, Santhosh
高通量方法，如RNA-SEQ、CHIP-SEQ和ATAC-SEQ都有完善的指南、商业试剂盒和分析管道，使理解基因组功能和调节的一致性和更广泛的采用成为可能。STARR-SEQ是一种流行的同时直接量化数千个增强子序列活性的方法，在所有研究中得到了有限的标准化。该分析很长，有250多个步骤，而且频繁的定制方案和生物信息学方法的变化引起了对STARR-SEQ研究重复性的担忧。在这里，我们从已公布的来源和内部分析中评估方案和分析管道的每个步骤，并确定分析重现性所必需的关键步骤和质量控制(QC)检查点。我们还为实验设计、方案调整、定制和分析管道提供指南，以更好地采用该分析方法。这些资源将使STARR-SEQ更好地针对具体的研究需求进行优化，实现跨研究的比较和整合，并提高结果的重现性。
High-throughput methods such as RNA-seq, ChIP-seq, and ATAC-seq have well-established guidelines, commercial kits, and analysis pipelines that enable consistency and wider adoption for understanding genome function and regulation. STARR-seq, a popular assay for directly quantifying the activities of thousands of enhancer sequences simultaneously, has seen limited standardization across studies. The assay is long, with more than 250 steps, and frequent customization of the protocol and variations in bioinformatics methods raise concerns for reproducibility of STARR-seq studies. Here, we assess each step of the protocol and analysis pipelines from published sources and in-house assays, and identify critical steps and quality control (QC) checkpoints necessary for reproducibility of the assay. We also provide guidelines for experimental design, protocol scaling, customization, and analysis pipelines for better adoption of the assay. These resources will allow better optimization of STARR-seq for specific research needs, enable comparisons and integration across studies, and improve the reproducibility of results.
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影响因子：
7
作者：
Hansen, Tyler J.;Hodges, Emily
通讯作者：
Hodges, Emily
影响因子：
7
作者：
Inoue, Fumitaka;Kircher, Martin;Shendure, Jay
通讯作者：
Shendure, Jay
影响因子：
7
作者：
Kalita, Cynthia A.;Brown, Christopher D.;Luca, Francesca
通讯作者：
Luca, Francesca
DOI：
10.1038/s41580-018-0028-8
发表时间：
2018-10
期刊：
Nature reviews. Molecular cell biology
影响因子：
--
作者：
Haberle V;Stark A
通讯作者：
Stark A
影响因子：
18
作者：
Jores, Tobias;Tonnies, Jackson;Wrightsman, Travis;Buckler, Edward S.;Cuperus, Josh T.;Fields, Stanley;Queitsch, Christine
通讯作者：
Queitsch, Christine