Curated variation benchmarks for challenging medically relevant autosomal genes.
Curated variation benchmarks for challenging medically relevant autosomal genes.
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DOI：
10.1038/s41587-021-01158-1
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发表时间：
2022-05
影响因子：
46.9
通讯作者：
Sedlazeck, Fritz J.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Wagner, Justin;Olson, Nathan D.;Harris, Lindsay;McDaniel, Jennifer;Cheng, Haoyu;Fungtammasan, Arkarachai;Hwang, Yih-Chii;Gupta, Richa;Wenger, Aaron M.;Rowell, William J.;Khan, Ziad M.;Farek, Jesse;Zhu, Yiming;Pisupati, Aishwarya;Mahmoud, Medhat;Xiao, Chunlin;Yoo, Byunggil;Sahraeian, Sayed Mohammad Ebrahim;Miller, Danny E.;Jaspez, David;Lorenzo-Salazar, Jose M.;Munoz-Barrera, Adrian;Rubio-Rodriguez, Luis A.;Flores, Carlos;Narzisi, Giuseppe;Evani, Uday Shanker;Clarke, Wayne E.;Lee, Joyce;Mason, Christopher E.;Lincoln, Stephen E.;Miga, Karen H.;Ebbert, Mark T. W.;Shumate, Alaina;Li, Heng;Chin, Chen-Shan;Zook, Justin M.;Sedlazeck, Fritz J.
一些医学相关基因的重复性和复杂性对其在临床环境中的准确分析提出了挑战。瓶装基因组联盟提供了不同的基准集，但由于其重复性或多态复杂性，这些基准集排除了近400个与医学相关的基因。在这里，我们使用单倍型解析的全基因组组装来描述这395个具有挑战性的常染色体基因中的273个。这项精心策划的基准报告了HG002中人类基因组参考GRCh37和GRCh38各自超过17,000个单核苷酸变异，3,600个Indels和200个结构变异。我们发现，GRCh37或GRCh38中的错误复制导致了CBS、CRYAA和KCNE1等医学相关基因中的短读和长读技术的参考特异性、遗漏变体。当掩饰这些错误重复时，变体召回率可以从8%提高到100%。从单倍型分解的全基因组组装形成基准可能成为未来覆盖整个基因组的基准的原型。
The repetitive nature and complexity of some medically relevant genes poses a challenge for their accurate analysis in a clinical setting. The Genome in a Bottle Consortium has provided variant benchmark sets, but these exclude nearly four hundred medically relevant genes due to their repetitiveness or polymorphic complexity. Here we characterize 273 of these 395 challenging autosomal genes using a haplotype-resolved whole-genome assembly. This curated benchmark reports over 17,000 single nucleotide variations, 3,600 INDELs, and 200 structural variations each for human genome reference GRCh37 and GRCh38 across HG002. We show that false duplications in either GRCh37 or GRCh38 result in reference-specific, missed variants for short- and long-read technologies in medically relevant genes including CBS, CRYAA, and KCNE1. When masking these false duplications, variant recall can improve from 8% to 100%. Forming benchmarks from a haplotype-resolved whole-genome assembly may become a prototype for future benchmarks covering the whole genome.
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DOI：
10.1038/s41576-021-00367-3
发表时间：
2021-09
期刊：
Nature reviews. Genetics
影响因子：
--
作者：
De Coster W;Weissensteiner MH;Sedlazeck FJ
通讯作者：
Sedlazeck FJ
影响因子：
48
作者：
Cheng H;Concepcion GT;Feng X;Zhang H;Li H
通讯作者：
Li H
影响因子：
12.3
作者：
Jiang, Tao;Liu, Yongzhuang;Wang, Yadong
通讯作者：
Wang, Yadong
影响因子：
16.6
作者：
Jeffares DC;Jolly C;Hoti M;Speed D;Shaw L;Rallis C;Balloux F;Dessimoz C;Bähler J;Sedlazeck FJ
通讯作者：
Sedlazeck FJ
影响因子：
12.3
作者：
Layer RM;Chiang C;Quinlan AR;Hall IM
通讯作者：
Hall IM