Exact calculation of distributions on integers, with application to sequence alignment.
Exact calculation of distributions on integers, with application to sequence alignment.
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DOI：
10.1089/cmb.2008.0137
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发表时间：
2009-01
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Lawrence CE
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Newberg LA;Lawrence CE
计算生物学充满了高维离散预测和推理问题。动态规划递归可以应用于其中最重要的几个，包括序列比对，RNA二级结构预测，系统发育推断和基序发现。在这些问题中，注意力经常集中在一些感兴趣的标量，分数，如比对分数或RNA二级结构的自由能上。在许多情况下，分数自然地被定义为整数，例如两个序列比对之间的配对差异的数量的计数，或者由于计算原因而采用整数分数，例如在基序分数的显著性测试中。在适当的概率模型下的分数的概率分布是令人感兴趣的，例如在基序分数的显著性测试中，或在比对周围的贝叶斯置信限的计算中。在这里，我们提出了三种算法，用于计算这种类型的分数的确切分布，然后，在成对的局部序列比对的情况下，我们应用的方法，以便找到比对分数分布和贝叶斯置信限。
Computational biology is replete with high-dimensional discrete prediction and inference problems. Dynamic programming recursions can be applied to several of the most important of these, including sequence alignment, RNA secondary-structure prediction, phylogenetic inference, and motif finding. In these problems, attention is frequently focused on some scalar quantity of interest, a score, such as an alignment score or the free energy of an RNA secondary structure. In many cases, score is naturally defined on integers, such as a count of the number of pairing differences between two sequence alignments, or else an integer score has been adopted for computational reasons, such as in the test of significance of motif scores. The probability distribution of the score under an appropriate probabilistic model is of interest, such as in tests of significance of motif scores, or in calculation of Bayesian confidence limits around an alignment. Here we present three algorithms for calculating the exact distribution of a score of this type; then, in the context of pairwise local sequence alignments, we apply the approach so as to find the alignment score distribution and Bayesian confidence limits.
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影响因子：
64.8
作者：
Clark, Andrew G.;Eisen, Michael B.;MacCallum, Iain
通讯作者：
MacCallum, Iain
DOI：
10.1093/protein/8.10.999
发表时间：
1995-10-01
期刊：
PROTEIN ENGINEERING
影响因子：
--
作者：
Miyazawa, S
通讯作者：
Miyazawa, S
DOI：
10.1089/cmb.2008.0125
发表时间：
2008-11
期刊：
Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology
影响因子：
--
作者：
Newberg LA
通讯作者：
Newberg LA
影响因子：
1
作者：
Carmack, C. Steven;McCue, Lee Ann;Lawrence, Charles E.
通讯作者：
Lawrence, Charles E.
DOI：
10.1073/pnas.87.6.2264
发表时间：
1990-03-01
影响因子：
11.1
作者：
KARLIN, S;ALTSCHUL, SF
通讯作者：
ALTSCHUL, SF