Multiplexed and Ultralow-Input ChIP-seq Enabled by Tagmentation-Based Indexing and Facile Microfluidics.
Multiplexed and Ultralow-Input ChIP-seq Enabled by Tagmentation-Based Indexing and Facile Microfluidics.
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DOI：
10.1021/acs.analchem.0c02550
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发表时间：
2020-10-20
影响因子：
7.4
通讯作者：
Lu C
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Deng C;Murphy TW;Zhang Q;Naler LB;Xu A;Lu C
表观基因组构成了调控发育和疾病过程中基因表达和动态的重要一层。已经做出了广泛的努力来开发使用低数量的细胞和高产量的表观基因组图谱方法。染色质免疫沉淀(ChIP)是分析全基因组表观遗传改变(如组蛋白修饰)的最重要的方法。在这份报告中，我们展示了微流控裂解(MU-CM)，这是一种微流控技术，可以对个别不能产生足够芯片DNA用于测序文库准备的细胞样本进行分析。我们使用了一个简单的微流控装置，允许同时处理8个样品。使用一种基于标记的方法(ChIP标记)对样本进行不同的索引，然后将其合并以进行文库准备。通过基于索引对测序读数进行多路分解，获得每个个体样本的组蛋白修饰图谱。我们的技术可以分析20个细胞，非常适合使用低丰度组织进行特定细胞类型的研究。
Epigenome constitutes an important layer that regulates gene expression and dynamics during development and diseases. Extensive efforts have been made to develop epigenome profiling =methods using a low number of cells and with high throughput. Chromatin immunoprecipitation (ChIP) is the most important approach for profiling genome-wide epigenetic changes such as histone modifications. In this report, we demonstrate microfluidic ChIPmentation (mu-CM), a microfluidic technology that enables profiling cell samples that individually do not generate enough ChIP DNA for sequencing library preparation. We used a simple microfluidic device to allow 8 samples to be processed simultaneously. The samples were indexed differently using a tagmentation-based approach (ChIPmentation) and then merged for library preparation. Histone modification profile for each individual sample was obtained by demultiplexing the sequencing reads based on the indexes. Our technology allowed profiling 20 cells and is well suited for cell-type-specific studies using low-abundance tissues.
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