Microfluidic Low-Input Fluidized-Bed Enabled ChIP-seq Device for Automated and Parallel Analysis of Histone Modifications.
Microfluidic Low-Input Fluidized-Bed Enabled ChIP-seq Device for Automated and Parallel Analysis of Histone Modifications.
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微流体低输入流体床启用了芯片隔离设备，用于对组蛋白修饰的自动化和并行分析。
DOI：
10.1021/acs.analchem.8b01541
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发表时间：
2018-06-19
影响因子：
7.4
通讯作者：
Lu C
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Murphy TW;Hsieh YP;Ma S;Zhu Y;Lu C
全基因组表观遗传变化，如组蛋白修饰，形成基因调控的关键层，并与许多不同的疾病如癌症和炎症有关。已经取得了进展，以减少金标准全基因组分析工具所需的输入，如染色质免疫沉淀，然后测序（即，ChIP-seq），以允许对来自患者和实验室动物的特定类型的稀缺原代组织进行测试。然而，实际上没有努力快速增加这些低投入工具的产量。在这份报告中，我们展示了LIFE-ChIP-seq（低输入流化床染色质免疫沉淀，然后测序），一个自动化和高通量的微流体平台，能够在多个组蛋白标记上运行多组ChIP检测，在短短1小时内，每次检测只有50个细胞。我们的技术将能够在精准医学的背景下使用低丰度的原始样本测试大量样本和重复样本。
Genome-wide epigenetic changes, such as histone modifications, form a critical layer of gene regulations and have been implicated in a number of different disorders such as cancer and inflammation. Progress has been made to decrease the input required by gold-standard genome-wide profiling tools like chromatin immunoprecipitation followed by sequencing (i.e., ChIP-seq) to allow scarce primary tissues of a specific type from patients and lab animals to be tested. However, there has been practically no effort to rapidly increase the throughput of these low-input tools. In this report, we demonstrate LIFE-ChIP-seq (low-input fluidized-bed enabled chromatin immunoprecipitation followed by sequencing), an automated and high-throughput microfluidic platform capable of running multiple sets of ChIP assays on multiple histone marks in as little as 1 h with as few as 50 cells per assay. Our technology will enable testing of a large number of samples and replicates with low-abundance primary samples in the context of precision medicine.
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影响因子：
7.4
作者：
Menard, Laurent D.;Ramsey, J. Michael
通讯作者：
Ramsey, J. Michael
DOI：
10.1073/pnas.1507125112
发表时间：
2015-06-09
影响因子：
11.1
作者：
Darmanis S;Sloan SA;Zhang Y;Enge M;Caneda C;Shuer LM;Hayden Gephart MG;Barres BA;Quake SR
通讯作者：
Quake SR
影响因子：
48
作者：
Cao Z;Chen C;He B;Tan K;Lu C
通讯作者：
Lu C
DOI：
10.1126/science.1256271
发表时间：
2014-08-22
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Lara-Astiaso D;Weiner A;Lorenzo-Vivas E;Zaretsky I;Jaitin DA;David E;Keren-Shaul H;Mildner A;Winter D;Jung S;Friedman N;Amit I
通讯作者：
Amit I
影响因子：
13.6
作者：
Ma S;Hsieh YP;Ma J;Lu C
通讯作者：
Lu C