Multiple CRF01_AE/CRF07_BC Recombinants Enhanced the HIV-1 Epidemic Complexity Among MSM in Shenyang City, Northeast China.
Multiple CRF01_AE/CRF07_BC Recombinants Enhanced the HIV-1 Epidemic Complexity Among MSM in Shenyang City, Northeast China.
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多个CRF01_AE/CRF07_BC重组体增强了中国东北沉阳市MSM中HIV-1流行的复杂性
DOI：
10.3389/fmicb.2022.855049
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发表时间：
2022
影响因子：
5.2
通讯作者：
Han, Xiaoxu
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
He, Shan;Song, Wei;Guo, Gang;Li, Qiang;An, Minghui;Zhao, Bin;Gao, Yang;Tian, Wen;Wang, Lin;Shang, Hong;Han, Xiaoxu
独特的重组形式（URF）的传播使HIV-1的分子流行变得复杂。这种不断增加的遗传多样性对预防监测、诊断和疫苗设计都有影响。在这项研究中，我们对2016年至2020年中国东北沈阳市135例新诊断的HIV-1感染者的HIV-1 URF进行了表征，并通过系统发育和重组方法分析了它们的进化关系。在135个URF中，我们发现CRF01_AE/CRF07_BC重组体最常见（81.5%，110/135），其次是CRF01_AE/B（11.9%，16/135），B/C（3.7%，5/135）和其他（3.0%，4/135）。94.8%（128/135）的URF患者通过同性性接触感染。在110个URFs_0107中，有60个（54.5%）形成了11个亚簇（分支支持值= 1），并共享一致的重组结构。四个亚群在不同的高风险人群中造成了小规模的传播。尽管URFs_0107的重组结构是多种多样的，但重组体的热点集中在位置2，508和2，627之间（相对于HXB 2位置）。URFs_0107的CRF07_BC和CRF 01 AE片段主要来源于MSM人群。总之，本研究结果揭示了URFs_0107重组方式复杂，传播风险高，在以同性传播途径为主的地区应加强对新URFs_0107的监测和严格控制。
The transmission of Unique Recombinant Forms (URFs) has complicated the molecular epidemic of HIV-1. This increasing genetic diversity has implications for prevention surveillance, diagnosis, and vaccine design. In this study, we characterized the HIV-1 URFs from 135 newly diagnosed HIV-1 infected cases between 2016 and 2020 in Shenyang, northeast China and analyzed the evolutionary relationship of them by phylogenetic and recombination approaches. Among 135 URFs, we found that the CRF01_AE/CRF07_BC recombinants were the most common (81.5%, 110/135), followed by CRF01_AE/B (11.9%, 16/135), B/C (3.7%, 5/135), and others (3.0%, 4/135). 94.8% (128/135) of patients infected by URFs were through homosexual contact. Among 110 URFs_0107, 60 (54.5%) formed 11 subclusters (branch support value = 1) and shared the consistent recombination structure, respectively. Four subclusters have caused small-scale spread among different high-risk populations. Although the recombination structures of URFs_0107 are various, the hotspots of recombinants gathered between position 2,508 and 2,627 (relative to the HXB2 position). Moreover, the CRF07_BC and CRF01AE fragments of URFs_0107 were mainly derived from the MSM population. In brief, our results reveal the complex recombinant modes and the high transmission risk of URFs_0107, which calls for more attention on the new URFs_0107 monitoring and strict control in the areas led by homosexual transmission route.
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DOI：
10.1128/genomea.00050-12
发表时间：
2013-01
期刊：
Genome announcements
影响因子：
--
作者：
Han X;An M;Zhang W;Cai W;Chen X;Takebe Y;Shang H
通讯作者：
Shang H
首个 HIV-1 亚型间重复感染的完整基因组记录，随着时间的推移，不同重组体会传播给 5 名接受者
影响因子：
6.7
作者：
Gao Y;He S;Tian W;Li D;An M;Zhao B;Ding H;Xu J;Chu Z;Shang H;Han X
通讯作者：
Han X
影响因子：
4.8
作者：
Jia L;Li L;Gui T;Liu S;Li H;Han J;Guo W;Liu Y;Li J
通讯作者：
Li J
影响因子：
3.7
作者：
Qi J;Zhang D;Fu X;Li C;Meng S;Dai M;Liu H;Sun J
通讯作者：
Sun J
影响因子：
5.4
作者：
Hemelaar, Joris;Loganathan, Shanghavie;Kirtley, Shona
通讯作者：
Kirtley, Shona