BamToCov: an efficient toolkit for sequence coverage calculations.
BamToCov: an efficient toolkit for sequence coverage calculations.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btac125
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发表时间：
2022-04-28
期刊：
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中科院分区：
文献类型：
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作者：
许多基因组学应用需要计算参考基因组的核苷酸覆盖率或确定有多少读段映射到参考区域的能力。BamToCov是一个用于快速灵活的覆盖率计算的工具包，它依赖于最有效的内存算法，并被设计用于集成在管道中，因为它能够从流中读取对齐文件。套件中的工具可以处理排序的BAM或CRAM文件，允许用户通过不同的过滤方法提取覆盖率信息，并以不同的格式（BED，Wig或计数）保存输出。BamToCov算法还可以处理链特异性和/或物理覆盖分析。该程序、附件实用程序及其文档可在https://github.com/telatin/BamToCov上免费获得。 补充数据可在Bioinformatics在线获得。
Many genomics applications require the computation of nucleotide coverage of a reference genome or the ability to determine how many reads map to a reference region. BamToCov is a toolkit for rapid and flexible coverage computation that relies on the most memory efficient algorithm and is designed for integration in pipelines, given its ability to read alignment files from streams. The tools in the suite can process sorted BAM or CRAM files, allowing the user to extract coverage information via different filtering approaches and to save the output in different formats (BED, Wig or counts). The BamToCov algorithm can also handle strand-specific and/or physical coverage analyses. This program, accessory utilities and their documentation are freely available at https://github.com/telatin/BamToCov. Supplementary data are available at Bioinformatics online.
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影响因子：
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作者：
Quinlan, Aaron R
通讯作者：
Quinlan, Aaron R
DOI：
10.1093/bioinformatics/btx699
发表时间：
2018-03-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Pedersen BS;Quinlan AR
通讯作者：
Quinlan AR
DOI：
10.1093/bioinformatics/btp324
发表时间：
2009-07-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Li H;Durbin R
通讯作者：
Durbin R
影响因子：
9.2
作者：
Bonfield JK;Marshall J;Danecek P;Li H;Ohan V;Whitwham A;Keane T;Davies RM
通讯作者：
Davies RM
DOI：
10.1093/bioinformatics/btv098
发表时间：
2015-06-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Tarasov A;Vilella AJ;Cuppen E;Nijman IJ;Prins P
通讯作者：
Prins P