APD2: the updated antimicrobial peptide database and its application in peptide design.
APD2: the updated antimicrobial peptide database and its application in peptide design.
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DOI：
10.1093/nar/gkn823
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发表时间：
2009-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Wang Z
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Wang G;Li X;Wang Z
抗菌肽数据库（APD，http：//aps.unmc.edu/AP/main.php）已经更新和扩展。它现在拥有1228个条目，其中65个抗癌，76个抗病毒（53个抗HIV），327个抗真菌和944个抗菌肽。我们的第二版数据库（APD 2）允许用户搜索肽家族（例如细菌素、环肽或防御素）、肽来源（例如鱼、青蛙或鸡）、后修饰肽（例如酰胺化、氧化、脂化、糖基化或d-氨基酸）和肽结合靶点（例如膜、蛋白质、DNA/RNA、LPS或糖）。统计分析表明，细菌肽中使用频率最高（>10%）的氨基酸残基为Ala和Gly，植物肽中为Cys和Gly，昆虫肽中为Ala、Gly和Lys，两栖类肽中为Leu、Ala、Gly和Lys。使用频繁出现的残基，我们以不同的方式展示了数据库辅助肽设计。在所设计的三种肽中，GLK-19显示出比人LL-37更高的抗大肠杆菌活性。
The antimicrobial peptide database (APD, http://aps.unmc.edu/AP/main.php) has been updated and expanded. It now hosts 1228 entries with 65 anticancer, 76 antiviral (53 anti-HIV), 327 antifungal and 944 antibacterial peptides. The second version of our database (APD2) allows users to search peptide families (e.g. bacteriocins, cyclotides, or defensins), peptide sources (e.g. fish, frogs or chicken), post-translationally modified peptides (e.g. amidation, oxidation, lipidation, glycosylation or d-amino acids), and peptide binding targets (e.g. membranes, proteins, DNA/RNA, LPS or sugars). Statistical analyses reveal that the frequently used amino acid residues (>10%) are Ala and Gly in bacterial peptides, Cys and Gly in plant peptides, Ala, Gly and Lys in insect peptides, and Leu, Ala, Gly and Lys in amphibian peptides. Using frequently occurring residues, we demonstrate database-aided peptide design in different ways. Among the three peptides designed, GLK-19 showed a higher activity against Escherichia coli than human LL-37.
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影响因子：
14.9
作者：
Wang CK;Kaas Q;Chiche L;Craik DJ
通讯作者：
Craik DJ
影响因子：
64.8
作者：
Loose, Christopher;Jensen, Kyle;Stephanopoulos, Gregory
通讯作者：
Stephanopoulos, Gregory
DOI：
10.1111/j.1600-0897.2007.00561.x
发表时间：
2008-01-01
影响因子：
3.6
作者：
Cole, Alexander M.;Cole, Amy Liese
通讯作者：
Cole, Amy Liese
影响因子：
4.8
作者：
Wang, GS;Li, YF;Li, X
通讯作者：
Li, X
影响因子：
4.2
作者：
Hammami R;Zouhir A;Ben Hamida J;Fliss I
通讯作者：
Fliss I