The Encyclopedia of DNA elements (ENCODE): data portal update.
The Encyclopedia of DNA elements (ENCODE): data portal update.
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DOI：
10.1093/nar/gkx1081
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发表时间：
2018-01-04
影响因子：
14.9
通讯作者：
Cherry JM
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Davis CA;Hitz BC;Sloan CA;Chan ET;Davidson JM;Gabdank I;Hilton JA;Jain K;Baymuradov UK;Narayanan AK;Onate KC;Graham K;Miyasato SR;Dreszer TR;Strattan JS;Jolanki O;Tanaka FY;Cherry JM
DNA元素百科全书（ENCODE）数据协调中心开发了ENCODE门户数据库和网站，作为ENCODE联盟生成的数据和元数据的来源。两个原则激发了设计。第一，实验方案、分析程序和数据本身应通过一个连贯的、基于网络的搜索和下载界面向公众开放。其次，同一个界面应该提供精心策划的元数据，记录数据的来源，并证明其在生物学方面的解释。自2013年首次发布以来，为了响应联合会成员和使用该门户网站访问ENCODE数据的广大科学家社区的建议，该门户网站定期更新，以更好地反映这些设计原则。在这里，我们报告这些更新，包括新实验的结果，来自其他项目的统一处理的数据，新的可视化工具和更全面的元数据来描述实验和分析。此外，该门户网站现在是相关项目的Meta（数据）的所在地，包括基因调控基因组学，路线图表观基因组计划，模式生物ENCODE（modENCODE）和modERN。该门户网站现在提供13000多个数据集及其附带的元数据，可在https://www.encodeproject.org/上访问。
The Encyclopedia of DNA Elements (ENCODE) Data Coordinating Center has developed the ENCODE Portal database and website as the source for the data and metadata generated by the ENCODE Consortium. Two principles have motivated the design. First, experimental protocols, analytical procedures and the data themselves should be made publicly accessible through a coherent, web-based search and download interface. Second, the same interface should serve carefully curated metadata that record the provenance of the data and justify its interpretation in biological terms. Since its initial release in 2013 and in response to recommendations from consortium members and the wider community of scientists who use the Portal to access ENCODE data, the Portal has been regularly updated to better reflect these design principles. Here we report on these updates, including results from new experiments, uniformly-processed data from other projects, new visualization tools and more comprehensive metadata to describe experiments and analyses. Additionally, the Portal is now home to meta(data) from related projects including Genomics of Gene Regulation, Roadmap Epigenome Project, Model organism ENCODE (modENCODE) and modERN. The Portal now makes available over 13000 datasets and their accompanying metadata and can be accessed at: https://www.encodeproject.org/.
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影响因子：
3.7
作者：
Hitz, Benjamin C.;Rowe, Laurence D.;Cherry, J. Michael
通讯作者：
Cherry, J. Michael
影响因子：
14.9
作者：
Sloan CA;Chan ET;Davidson JM;Malladi VS;Strattan JS;Hitz BC;Gabdank I;Narayanan AK;Ho M;Lee BT;Rowe LD;Dreszer TR;Roe G;Podduturi NR;Tanaka F;Hong EL;Cherry JM
通讯作者：
Cherry JM
影响因子：
7
作者：
Harrow J;Frankish A;Gonzalez JM;Tapanari E;Diekhans M;Kokocinski F;Aken BL;Barrell D;Zadissa A;Searle S;Barnes I;Bignell A;Boychenko V;Hunt T;Kay M;Mukherjee G;Rajan J;Despacio-Reyes G;Saunders G;Steward C;Harte R;Lin M;Howald C;Tanzer A;Derrien T;Chrast J;Walters N;Balasubramanian S;Pei B;Tress M;Rodriguez JM;Ezkurdia I;van Baren J;Brent M;Haussler D;Kellis M;Valencia A;Reymond A;Gerstein M;Guigó R;Hubbard TJ
通讯作者：
Hubbard TJ
DOI：
10.1093/bioinformatics/btr020
发表时间：
2011-03-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Down TA;Piipari M;Hubbard TJ
通讯作者：
Hubbard TJ
编码UCSC基因组浏览器中的全基因组数据。
影响因子：
14.9
作者：
Rosenbloom KR;Dreszer TR;Pheasant M;Barber GP;Meyer LR;Pohl A;Raney BJ;Wang T;Hinrichs AS;Zweig AS;Fujita PA;Learned K;Rhead B;Smith KE;Kuhn RM;Karolchik D;Haussler D;Kent WJ
通讯作者：
Kent WJ