The UNITE database for molecular identification of fungi: handling dark taxa and parallel taxonomic classifications.
The UNITE database for molecular identification of fungi: handling dark taxa and parallel taxonomic classifications.
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DOI：
10.1093/nar/gky1022
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发表时间：
2019-01-08
影响因子：
14.9
通讯作者：
Abarenkov K
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Nilsson RH;Larsson KH;Taylor AFS;Bengtsson-Palme J;Jeppesen TS;Schigel D;Kennedy P;Picard K;Glöckner FO;Tedersoo L;Saar I;Kõljalg U;Abarenkov K
UNITE（https：//unite.ut.ee/）是一个基于网络的数据库和序列管理环境，用于真菌的分子鉴定。它的目标是正式的真菌条形码-核核糖体内部转录间隔区（ITS）区域-并提供所有100万个公共真菌ITS序列供参考。这些被聚类为1459000种假设，并分配数字对象标识符（DOI），以促进跨研究的明确参考。在过去的15年里，内部和基于网络的第三方序列管理和注释已经对数据进行了超过275，000次改进。UNITE是一系列metabarcoding软件管道的数据提供者，并定期与所有主要的真菌序列数据库和其他社区资源交换数据。最近的改进包括重新设计了对无法分类的物种假设的处理，与全球生物多样性信息机制的分类主干网相结合，以及支持无限数量的并行分类系统。
UNITE (https://unite.ut.ee/) is a web-based database and sequence management environment for the molecular identification of fungi. It targets the formal fungal barcode—the nuclear ribosomal internal transcribed spacer (ITS) region—and offers all ∼1 000 000 public fungal ITS sequences for reference. These are clustered into ∼459 000 species hypotheses and assigned digital object identifiers (DOIs) to promote unambiguous reference across studies. In-house and web-based third-party sequence curation and annotation have resulted in more than 275 000 improvements to the data over the past 15 years. UNITE serves as a data provider for a range of metabarcoding software pipelines and regularly exchanges data with all major fungal sequence databases and other community resources. Recent improvements include redesigned handling of unclassifiable species hypotheses, integration with the taxonomic backbone of the Global Biodiversity Information Facility, and support for an unlimited number of parallel taxonomic classification systems.
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通过放大标记的高通量测序进行真菌社区分析 - 用户指南。
DOI：
10.1111/nph.12243
发表时间：
2013-07
期刊：
The New phytologist
影响因子：
--
作者：
Lindahl BD;Nilsson RH;Tedersoo L;Abarenkov K;Carlsen T;Kjøller R;Kõljalg U;Pennanen T;Rosendahl S;Stenlid J;Kauserud H
通讯作者：
Kauserud H
影响因子：
14.9
作者：
Kodama Y;Shumway M;Leinonen R;International Nucleotide Sequence Database Collaboration
通讯作者：
International Nucleotide Sequence Database Collaboration
影响因子：
5.4
作者：
Lücking R;Hawksworth DL
通讯作者：
Hawksworth DL
影响因子：
14.9
作者：
Federhen S
通讯作者：
Federhen S
影响因子：
9.4
作者：
Abarenkov, Kessy;Somervuo, Panu;Ovaskainen, Otso
通讯作者：
Ovaskainen, Otso