Fungal community analysis by high-throughput sequencing of amplified markers--a user's guide.
Fungal community analysis by high-throughput sequencing of amplified markers--a user's guide.
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通过放大标记的高通量测序进行真菌社区分析 - 用户指南。
DOI：
10.1111/nph.12243
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发表时间：
2013-07
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Kauserud H
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Lindahl BD;Nilsson RH;Tedersoo L;Abarenkov K;Carlsen T;Kjøller R;Kõljalg U;Pennanen T;Rosendahl S;Stenlid J;Kauserud H
新型高通量测序方法在分辨率和量级方面优于早期方法。它们能够识别和相对量化群落成员，并为真菌群落生态学提供新的见解。这些方法目前正在接管的主要工具，以评估植物相关的内生菌，病原体和菌根共生体，以及自由生活的腐养真菌群落。利用六个研究小组的集体经验，我们在这里回顾了真菌群落分析的不同阶段，从现场采样，通过实验室程序，生物信息学和数据解释。我们讨论潜在的陷阱，替代方案和解决方案。突出的主题是涉及的挑战：获得代表性的DNA/RNA样品和复制，包括社区组成的目标变化，标记区域和引物的选择，扩增和多重选择，测序错误的处理，和分类鉴定。如果没有对方法学偏差、标记物的局限性和生物信息学挑战的认识，大规模测序项目就有可能产生人为结果和误导性结论。
Novel high-throughput sequencing methods outperform earlier approaches in terms of resolution and magnitude. They enable identification and relative quantification of community members and offer new insights into fungal community ecology. These methods are currently taking over as the primary tool to assess fungal communities of plant-associated endophytes, pathogens, and mycorrhizal symbionts, as well as free-living saprotrophs. Taking advantage of the collective experience of six research groups, we here review the different stages involved in fungal community analysis, from field sampling via laboratory procedures to bioinformatics and data interpretation. We discuss potential pitfalls, alternatives, and solutions. Highlighted topics are challenges involved in: obtaining representative DNA/RNA samples and replicates that encompass the targeted variation in community composition, selection of marker regions and primers, options for amplification and multiplexing, handling of sequencing errors, and taxonomic identification. Without awareness of methodological biases, limitations of markers, and bioinformatics challenges, large-scale sequencing projects risk yielding artificial results and misleading conclusions.
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影响因子：
4.4
作者：
Courty, Pierre-Emmanuel;Franc, Alain;Garbaye, Jean
通讯作者：
Garbaye, Jean
影响因子：
9.4
作者：
Dickie, IA;Xu, B;Koide, RT
通讯作者：
Koide, RT
影响因子：
2.9
作者：
Bazzicalupo, Anna L.;Balint, Miklos;Schmitt, Imke
通讯作者：
Schmitt, Imke
DOI：
10.1007/s10482-011-9598-6
发表时间：
2011-10-01
影响因子：
2.6
作者：
Bengtsson, Johan;Eriksson, K. Martin;Nilsson, R. Henrik
通讯作者：
Nilsson, R. Henrik
影响因子：
9.4
作者：
Buee, M.;Reich, M.;Martin, F.
通讯作者：
Martin, F.