Genomic diversity and evolution of the lyssaviruses.
Genomic diversity and evolution of the lyssaviruses.
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DOI：
10.1371/journal.pone.0002057
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发表时间：
2008-04-30
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Bourhy H
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Delmas O;Holmes EC;Talbi C;Larrous F;Dacheux L;Bouchier C;Bourhy H
溶血病毒是一种具有单链负义基因组的RNA病毒，可导致哺乳动物中的狂犬病。到目前为止，基因组和进化研究大多利用部分基因组序列，特别是核蛋白和糖蛋白基因，很少考虑基因组规模的进化。在这里，我们报告了首次使用所有公认的溶酶病毒基因型别的全基因组序列进行的基因组和进化分析，其中包括来自6个基因型的14个新的野毒株全基因组，以及首次完全测序的一个基因型。通过这样做，我们大大增加了这些重要病毒可用的基因组序列数据的范围。我们对这些基因组序列数据的分析表明，所有LyssaVirus具有相同的基因组组织。系统发育分析揭示了强大的地理结构，具有非洲最大的遗传多样性，以及感染欧洲蝙蝠的两种已知基因类型的独立来源。我们还认为，在目前被归类为‘拉各斯蝙蝠’的病毒多样性中可能存在多种基因类型。综上所述，我们表明，基于全长基因组序列的严格的系统发育技术为溶虫病毒的基因分型提供了最好的判别力。
Lyssaviruses are RNA viruses with single-strand, negative-sense genomes responsible for rabies-like diseases in mammals. To date, genomic and evolutionary studies have most often utilized partial genome sequences, particularly of the nucleoprotein and glycoprotein genes, with little consideration of genome-scale evolution. Herein, we report the first genomic and evolutionary analysis using complete genome sequences of all recognised lyssavirus genotypes, including 14 new complete genomes of field isolates from 6 genotypes and one genotype that is completely sequenced for the first time. In doing so we significantly increase the extent of genome sequence data available for these important viruses. Our analysis of these genome sequence data reveals that all lyssaviruses have the same genomic organization. A phylogenetic analysis reveals strong geographical structuring, with the greatest genetic diversity in Africa, and an independent origin for the two known genotypes that infect European bats. We also suggest that multiple genotypes may exist within the diversity of viruses currently classified as ‘Lagos Bat’. In sum, we show that rigorous phylogenetic techniques based on full length genome sequence provide the best discriminatory power for genotype classification within the lyssaviruses.
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影响因子：
5
作者：
Gould, AR;Hyatt, AD;Blacksell, SD
通讯作者：
Blacksell, SD
影响因子：
5.4
作者：
Finke, S;Conzelmann, KK
通讯作者：
Conzelmann, KK
影响因子：
3.8
作者：
Gifford, Robert;de Oliveira, Tulio;Pillay, Deenan
通讯作者：
Pillay, Deenan
DOI：
10.1073/pnas.0407289101
发表时间：
2004-11-16
影响因子：
11.1
作者：
Faber, M;Pulmanausahakul, R;Dietzschold, B
通讯作者：
Dietzschold, B
影响因子：
3.8
作者：
Bourhy, H;Kissi, B;Holmes, EC
通讯作者：
Holmes, EC