RosettaES: a sampling strategy enabling automated interpretation of difficult cryo-EM maps.
RosettaES: a sampling strategy enabling automated interpretation of difficult cryo-EM maps.
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DOI：
10.1038/nmeth.4340
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发表时间：
2017-08
期刊：
影响因子：
48
通讯作者：
DiMaio F
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Frenz B;Walls AC;Egelman EH;Veesler D;DiMaio F
RosettaES是一种使用基于片段的采样策略的算法，可在3-5 μ m分辨率下从冷冻EM数据中改进大分子结构建模。本文的在线版本（doi：10.1038/nmeth.4340）包含补充材料，可供授权用户使用。在低温电子显微镜（cryo-EM）图中精确地对大分子结构进行原子建模是一项重大挑战，因为中等分辨率使得原子的精确放置变得困难。我们提出了Rosetta计数采样（RosettaES），一个自动化的工具，使用基于片段的采样策略从头模型完成的大分子结构从冷冻EM密度图在3-5-μ m的分辨率。在9种蛋白质的基准组上，RosettaES能够识别85%片段中的近天然构象。RosettaES还用于确定三种具有挑战性的大分子结构的模型。本文的在线版本（doi：10.1038/nmeth.4340）包含补充材料，可供授权用户使用。
RosettaES, an algorithm that uses a fragment-based sampling strategy, improves macromolecular structure modeling from cryo-EM data at 3–5-Å resolution. The online version of this article (doi:10.1038/nmeth.4340) contains supplementary material, which is available to authorized users. Accurate atomic modeling of macromolecular structures into cryo-electron microscopy (cryo-EM) maps is a major challenge, as the moderate resolution makes accurate placement of atoms difficult. We present Rosetta enumerative sampling (RosettaES), an automated tool that uses a fragment-based sampling strategy for de novo model completion of macromolecular structures from cryo-EM density maps at 3–5-Å resolution. On a benchmark set of nine proteins, RosettaES was able to identify near-native conformations in 85% of segments. RosettaES was also used to determine models for three challenging macromolecular structures. The online version of this article (doi:10.1038/nmeth.4340) contains supplementary material, which is available to authorized users.
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影响因子：
2.2
作者：
McMullan, G.;Chen, S.;Henderson, R.;Faruqi, A. R.
通讯作者：
Faruqi, A. R.
影响因子：
16.8
作者：
Walls AC;Tortorici MA;Frenz B;Snijder J;Li W;Rey FA;DiMaio F;Bosch BJ;Veesler D
通讯作者：
Veesler D
DOI：
10.1107/s0907444904019158
发表时间：
2004-12-01
影响因子：
2.2
作者：
Emsley, P;Cowtan, K
通讯作者：
Cowtan, K
影响因子：
5.7
作者：
Schroeder, Gunnar F.;Brunger, Axel T.;Levitt, Michael
通讯作者：
Levitt, Michael
影响因子：
48
作者：
DiMaio, Frank;Song, Yifan;Li, Xueming;Brunner, Matthias J.;Xu, Chunfu;Conticello, Vincent;Egelman, Edward;Marlovits, Thomas C.;Cheng, Yifan;Baker, David
通讯作者：
Baker, David