Mechanistic basis for chromosomal translocations at the E2A gene and its broader relevance to human B cell malignancies.
Mechanistic basis for chromosomal translocations at the E2A gene and its broader relevance to human B cell malignancies.
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DOI：
10.1016/j.celrep.2021.109387
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发表时间：
2021-07-13
期刊：
影响因子：
8.8
通讯作者：
Lieber MR
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Liu D;Loh YE;Hsieh CL;Lieber MR
对人类 B 细胞恶性肿瘤中易位断点的分析表明，癌基因的 DNA 双链断裂最常发生在位于 20-600 bp 脆弱区内的 CpG 位点，并且依赖于激活诱导脱氨酶 (AID)。 AID 需要单链 DNA (ssDNA) 才能发挥作用，但目前尚不清楚该区域为何或如何短暂获得 ssDNA 状态。在这里，我们使用多种方法展示了 23 bp E2A 脆弱区的 ssDNA 状态，包括活人前 B 细胞中的天然亚硫酸氢盐 DNA 结构分析。 E2A 脆弱区内的 AID 脱氨基不需要，但在转录时会增加。高 C 弦密度、新生 RNA 尾和直接 DNA 序列重复延长了 E2A 脆弱区的 ssDNA 状态，并增加了重叠 AID 热点处的 AID 脱氨作用，这些热点包含患者发生断裂的 CpG 位点。这些特征提供了对淋巴脆弱区总体的重要见解。在淋巴恶性肿瘤患者中，通常存在初始染色体易位，涉及致癌因子的上调。这些癌基因的 DNA 断裂发生在也包含 CpG 位点的 AID 热点处。 AID 酶需要单链 DNA 才能发挥作用，Liu 等人。检查这是如何发生的。
Analysis of translocation breakpoints in human B cell malignancies reveals that DNA double-strand breaks at oncogenes most frequently occur at CpG sites located within 20–600 bp fragile zones and depend on activation-induced deaminase (AID). AID requires single-stranded DNA (ssDNA) to act, but it has been unclear why or how this region transiently acquires a ssDNA state. Here, we demonstrate the ssDNA state in the 23 bp E2A fragile zone using several methods, including native bisulfite DNA structural analysis in live human pre-B cells. AID deamination within the E2A fragile zone does not require but is increased upon transcription. High C-string density, nascent RNA tails, and direct DNA sequence repeats prolong the ssDNA state of the E2A fragile zone and increase AID deamination at overlapping AID hotspots that contain the CpG sites at which breaks occur in patients. These features provide key insights into lymphoid fragile zones generally. In patient lymphoid malignancies, there is typically an initial chromosomal translocation that involves upregulation of an oncogenic factor. The DNA breakage at these oncogenes occurs at AID hotspots that also contain CpG sites. The AID enzyme requires single-stranded DNA to act, and here Liu et al. examine how this arises.
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DOI：
10.1016/j.bbaexp.2004.12.006
发表时间：
2005-02-14
期刊：
BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-GENE STRUCTURE AND EXPRESSION
影响因子：
--
作者：
Bentin, T;Cherny, D;Nielsen, PE
通讯作者：
Nielsen, PE
影响因子：
16
作者：
Pannunzio NR;Lieber MR
通讯作者：
Lieber MR
影响因子：
30.8
作者：
Fischer U;Forster M;Rinaldi A;Risch T;Sungalee S;Warnatz HJ;Bornhauser B;Gombert M;Kratsch C;Stütz AM;Sultan M;Tchinda J;Worth CL;Amstislavskiy V;Badarinarayan N;Baruchel A;Bartram T;Basso G;Canpolat C;Cario G;Cavé H;Dakaj D;Delorenzi M;Dobay MP;Eckert C;Ellinghaus E;Eugster S;Frismantas V;Ginzel S;Haas OA;Heidenreich O;Hemmrich-Stanisak G;Hezaveh K;Höll JI;Hornhardt S;Husemann P;Kachroo P;Kratz CP;Te Kronnie G;Marovca B;Niggli F;McHardy AC;Moorman AV;Panzer-Grümayer R;Petersen BS;Raeder B;Ralser M;Rosenstiel P;Schäfer D;Schrappe M;Schreiber S;Schütte M;Stade B;Thiele R;von der Weid N;Vora A;Zaliova M;Zhang L;Zichner T;Zimmermann M;Lehrach H;Borkhardt A;Bourquin JP;Franke A;Korbel JO;Stanulla M;Yaspo ML
通讯作者：
Yaspo ML
影响因子：
56.9
作者：
INABA, T;ROBERTS, WM;LOOK, AT
通讯作者：
LOOK, AT
DOI：
10.1073/pnas.1102571108
发表时间：
2011-07-12
影响因子：
11.1
作者：
Kuraoka, Masayuki;Holl, T. Matt;Kelsoe, Garnett
通讯作者：
Kelsoe, Garnett