TREX reveals proteins that bind to specific RNA regions in living cells
TREX reveals proteins that bind to specific RNA regions in living cells
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TREX 揭示了与活细胞中特定 RNA 区域结合的蛋白质
DOI：
10.1101/2023.06.30.547259
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发表时间：
2023
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Dodel M
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Dodel M
RNA 分子的不同区域通常可以与不同的 RNA 结合蛋白 (RBP) 发生特定的相互作用，从而产生不同的 RNA 调节和功能模式。然而，目前还没有方法可以公正地鉴定与活细胞中和内源环境下的特定 RNA 区域相互作用的 RBP。在这里，我们介绍 TREX（靶向 RNase H 介导的交联 RBP 提取）——一种高度灵敏的方法，用于识别直接与活细胞中特定 RNA 区域结合的蛋白质。我们证明 TREX 在识别已知的 U1 snRNA 相互作用子方面优于现有方法，并揭示了 NORAD 长非编码 RNA 的内源区域特异性相互作用子。使用 TREX，我们生成了 45S rRNA 的全面的逐区域相互作用组，揭示了调节核糖体生物发生的已确定的和以前未知的相互作用。 TREX 适用于不同的细胞类型，是一种以 RNA 为中心的工具，用于对活细胞中内源性 RNA-蛋白质相互作用进行无偏位置绘图。
Different regions of RNA molecules can often engage in specific interactions with distinct RNA-binding proteins (RBPs), giving rise to diverse modalities of RNA regulation and function. However, there are currently no methods for unbiased identification of RBPs that interact with specific RNA regions in living cells and under endogenous settings. Here we introduce TREX (targeted RNase H-mediated extraction of crosslinked RBPs)—a highly sensitive approach for identifying proteins that directly bind to specific RNA regions in living cells. We demonstrate that TREX outperforms existing methods in identifying known interactors of U1 snRNA, and reveals endogenous region-specific interactors of NORAD long noncoding RNA. Using TREX, we generated a comprehensive region-by-region interactome for 45S rRNA, uncovering both established and previously unknown interactions that regulate ribosome biogenesis. With its applicability to different cell types, TREX is an RNA-centric tool for unbiased positional mapping of endogenous RNA–protein interactions in living cells.
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DOI：
10.15252/embj.2022112699
发表时间：
2023-04-03
期刊：
The EMBO journal
影响因子：
--
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
4.4
作者：
Spiniello M;Knoener RA;Steinbrink MI;Yang B;Cesnik AJ;Buxton KE;Scalf M;Jarrard DF;Smith LM
通讯作者：
Smith LM
影响因子：
4.4
作者：
Archer SK;Shirokikh NE;Preiss T
通讯作者：
Preiss T
影响因子：
21.3
作者：
Gambus, A;Jones, RC;Labib, K
通讯作者：
Labib, K
K. Miyazawa 等人：“人肝细胞生长因子激活剂基因的结构组织和染色体定位：与凝血因子 XII、尿激酶和组织型纤溶酶原激活剂的系统发育和功能关系”E
DOI：
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发表时间：
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期刊：
影响因子：
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作者：
通讯作者：
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