Targeted genomics of flow cytometrically sorted cultured and uncultured microbial groups.
Targeted genomics of flow cytometrically sorted cultured and uncultured microbial groups.
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通过流式细胞术分类的培养和未培养微生物群的靶向基因组学。
DOI：
10.1007/978-1-62703-712-9_16
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发表时间：
2014
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Mazard S
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Mazard S
从环境样品回收的遗传物质的高通量测序（即，宏基因组学）正在成为医学或环境基因组学研究的选择方法。然而，大量的数据和测序的“生物群系”的复杂性对从大量数据中提取有意义的结果提出了挑战。在这里，我们描述了一种靶向基因组管道，其使用荧光激活细胞分选（FACS）结合核酸的多重置换扩增（MDA），其允许将复杂系统解剖成其组成部分，以促进高质量的单细胞或靶向群体，微生物群落的基因组重建。该管道提供了用于收集、浓缩和保存来自水生和海洋环境的细胞的方法，这些方法适合于以后的流式细胞术处理。
High throughput sequencing of genetic material recovered from environmental samples (i.e., metagenomics) is becoming the method of choice for either medical or environmental genomic studies. However, the large amount of data and complexity of the sequenced “biomes” present challenges for teasing meaningful results out of the mass. Here, we describe a targeted genomic pipeline which uses fluorescence-activated cell sorting (FACS) in combination with multiple displacement amplification (MDA) of nucleic acids that allows to dissect a complex system into its component parts to facilitate high-quality single-cell, or targeted population, genomic reconstructions of microbial communities. This pipeline is presented with methods for collecting, concentrating, and preserving cells from aquatic and marine environments suitable for flow cytometric processing at a later date.
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Rodriguez-Valera, Francisco
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