In vivo architecture of the telomerase RNA catalytic core in Trypanosoma brucei.
In vivo architecture of the telomerase RNA catalytic core in Trypanosoma brucei.
复制标题
布氏锥虫端粒酶RNA催化核心的体内结构。
DOI：
10.1093/nar/gkab1042
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发表时间：
2021-12-02
影响因子：
14.9
通讯作者：
Chakrabarti K
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Dey A;Monroy-Eklund A;Klotz K;Saha A;Davis J;Li B;Laederach A;Chakrabarti K
端粒酶是一种独特的核糖核蛋白（RNP）逆转录酶，利用其同源RNA分子作为端粒DNA重复合成的模板。端粒酶的核心成分包括逆转录酶蛋白TERT和模板RNA TR。TR的5 ' -一半形成了一个高度保守的催化核心，包括模板区和端粒合成所必需的邻近结构域。然而，由于原生RNP的丰度较低，端粒酶RNA折叠如何在体内发生尚不完全清楚。本研究以单细胞病原体布鲁氏锥虫为模型，揭示了端粒酶RNA核心区域TR模板、模板边界元、模板近端螺旋和螺旋IV （eCR4-CR5）结构域的重要区域折叠信息。为此，我们独特地将细胞内探测与靶向高通量RNA测序和突变定位结合在三种条件下：体内（WT和TERT - / -细胞），免疫纯化催化活性端粒酶RNP复合物和体外（去蛋白化）。我们发现，在布鲁氏体的昆虫和哺乳动物发育阶段，TR形成至少两种不同的具有不同折叠拓扑结构的构象。此外，TERT在体内对RNA折叠没有显著影响，表明布鲁氏体端粒酶RNA以构象预组织的稳定结构存在。我们在两个不同发育阶段观察到的RNA （TR）折叠的差异表明，重要的构象变化是布鲁氏体发育的关键组成部分。
Telomerase is a unique ribonucleoprotein (RNP) reverse transcriptase that utilizes its cognate RNA molecule as a template for telomere DNA repeat synthesis. Telomerase contains the reverse transcriptase protein, TERT and the template RNA, TR, as its core components. The 5’-half of TR forms a highly conserved catalytic core comprising of the template region and adjacent domains necessary for telomere synthesis. However, how telomerase RNA folding takes place in vivo has not been fully understood due to low abundance of the native RNP. Here, using unicellular pathogen Trypanosoma brucei as a model, we reveal important regional folding information of the native telomerase RNA core domains, i.e. TR template, template boundary element, template proximal helix and Helix IV (eCR4-CR5) domain. For this purpose, we uniquely combined in-cell probing with targeted high-throughput RNA sequencing and mutational mapping under three conditions: in vivo (in WT and TERT−/− cells), in an immunopurified catalytically active telomerase RNP complex and ex vivo (deproteinized). We discover that TR forms at least two different conformers with distinct folding topologies in the insect and mammalian developmental stages of T. brucei. Also, TERT does not significantly affect the RNA folding in vivo, suggesting that the telomerase RNA in T. brucei exists in a conformationally preorganized stable structure. Our observed differences in RNA (TR) folding at two distinct developmental stages of T. brucei suggest that important conformational changes are a key component of T. brucei development.
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影响因子：
5.6
作者：
Daher M;Widom JR;Tay W;Walter NG
通讯作者：
Walter NG
DOI：
10.1126/science.1170633
发表时间：
2009-11-13
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
de Lange T
通讯作者：
de Lange T
DOI：
10.1093/bioinformatics/btp250
发表时间：
2009-08-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Darty K;Denise A;Ponty Y
通讯作者：
Ponty Y
影响因子：
14.9
作者：
Brown Y;Abraham M;Pearl S;Kabaha MM;Elboher E;Tzfati Y
通讯作者：
Tzfati Y
影响因子：
5.3
作者：
Cunningham, DD;Collins, K
通讯作者：
Collins, K