Transcriptome-wide analysis of a baculovirus using nanopore sequencing.
Transcriptome-wide analysis of a baculovirus using nanopore sequencing.
复制标题
DOI：
10.1038/sdata.2018.276
复制
发表时间：
2018-12-04
期刊：
影响因子：
9.8
通讯作者：
Tombácz D
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Boldogkői Z;Moldován N;Szűcs A;Tombácz D
苜蓿银纹夜蛾核型多角体病毒（Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus，AcMNPV）是一种感染特定昆虫的典型杆状病毒。AcMNPV含有一个大的双链DNA基因组，编码一个复杂的转录组。该病毒作为表达异源蛋白的载体具有广泛的应用。在这里，我们提出了一个数据集，来自牛津纳米孔技术（ONT）长读测序平台。我们使用cDNA和直接RNA测序技术。该数据集包含520，310个AcMNPV和1，309，481个宿主细胞读数，使用ONT技术的常规cDNA测序方法，而通过使用直接RNA测序总共产生6，456个读数。我们还对某些ONT样品使用了帽选择方案，并通过使用该方法获得了2，568，669个读数。将原始读段与AcMNPV参考基因组（KM667940.1）比对。在这里，我们公开发布了AcMNPV的“静态”和动态转录本目录。该数据集可用于深入分析AcMNPV和宿主细胞的转录组和表转录组模式。这些数据也可以用于验证不同的生物信息学软件包和分析工具。
Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus (AcMNPV) is a prototypic baculovirus infecting specific insects. AcMNPV contains a large double-stranded DNA genome encoding a complex transcriptome. This virus has a widespread application as a vector for the expression of heterologous proteins. Here, we present a dataset, derived from Oxford Nanopore Technologies (ONT) long-read sequencing platform. We used both cDNA and direct RNA sequencing techniques. The dataset contains 520,310 AcMNPV and 1,309,481 host cell reads using the regular cDNA-sequencing method of ONT technique, whereas altogether 6,456 reads were produced by using direct RNA-sequencing. We also used a Cap-selection protocol for certain ONT samples, and obtained 2,568,669 reads by using this method. The raw reads were aligned to the AcMNPV reference genome (KM667940.1). Here, we openly released the ‘static’ and the dynamic transcript catalogue of AcMNPV. This dataset can be used for deep analyses of the transcriptomic and epitranscriptomic patterns of the AcMNPV and the host cell. The data can be also useful for the validation of different bioinformatics software packages and analysis tools.
登录
查看更多内容
DOI：
10.1093/bioinformatics/btq033
发表时间：
2010-03-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Quinlan AR;Hall IM
通讯作者：
Hall IM
影响因子：
5.4
作者：
GUZO, D;RATHBURN, H;DOUGHERTY, E
通讯作者：
DOUGHERTY, E
影响因子：
4.6
作者：
Balázs Z;Tombácz D;Szűcs A;Csabai Z;Megyeri K;Petrov AN;Snyder M;Boldogkői Z
通讯作者：
Boldogkői Z
影响因子：
5.4
作者：
Chen, Yun-Ru;Zhong, Silin;Blissard, Gary W.
通讯作者：
Blissard, Gary W.
杆状病毒是昆虫和哺乳动物细胞中高效的表达载体。
影响因子：
8.2
作者：
Hu YC
通讯作者：
Hu YC